Tuy nhiên, rủi ro lớn nhất đối với hình thức vay vốn này là dù vay cho mục đích nào thì đều có thể phải sử dụng ngân sách địa phương để trả tiền vay và lãi suất. Mà theo các luật hiện hành, ngân sách ở nước ta vẫn là ngân sách lồng ghép, ngân sách Nhà nước vẫn bao hàm cả ngân sách địa phương. Ngân sách địa phương là một cấp trong ngân sách Nhà nước, nên nếu địa phương không trả được nợ thì ngân sách Nhà nước sẽ phải trả thay. Điều này cũng tương tự như việc Chính phủ bảo lãnh vay cho doanh nghiệp. Hay nợ doanh nghiệp Nhà nước không tính vào nợ công nhưng rủi ro cuối cùng vẫn do ngân sách Nhà nước gánh. Do đó, dù rằng đồng ý với việc các thành phố lớn phát hành trái phiếu để giải quyết những nút thắt cơ bản, nhằm từng bước khôi phục tăng trưởng, giải quyết an sinh xã hội cho mình, thì nhiều ý kiến vẫn đề nghị cần thận trọng với hình thức phát hành trái phiếu này. 

Tuy nhiên, ngay cả khi tách thành Luật Đầu tư công và Luật Mua sắm công thì quá trình xây dựng luật cũng còn nhiều điểm cần phải cân nhắc kỹ. Mà rõ nhất là khái niệm vốn Nhà nước sử dụng trong đầu tư công không thể hiểu theo cách đơn giản là đồng vốn đầu tư từ ngân sách được. Thực tế, vốn đầu tư không vì mục đích kinh doanh, không có khả năng thanh toán sẽ có tính chất rất khác so với đầu tư vì mục đích sinh lời. Việc gộp hai hình thức sử dụng vốn ngân sách này vào một dự thảo luật đòi hỏi phải quy định thật chi tiết, chặt chẽ để kiểm soát tốt. Còn nếu quy định chung chung thì sẽ khó có thể kiểm soát hiệu quả việc sử dụng vốn đầu tư Nhà nước nói chung, cũng như vốn vay của địa phương nói riêng. Khi Luật Đầu tư công chưa rõ hình hài thì có lẽ lo ngại đối với phát hành trái phiếu chính quyền địa phương sẽ vẫn còn.