Về trách nhiệm dân sự, tòa tuyên buộc bị cáo Dĩnh phải hoàn trả số tiền hơn 633 triệu đồng đã chiếm đoạt của công ty TNHH Thái Nakorn Patana Việt Nam 100% vốn nước ngoài (trụ sở tại 636 Nguyễn Tất Thành, phường 9, TP. Tuy Hòa, Phú Yên).

Theo cáo trạng, từ năm 2007, Tôn Thất Dĩnh làm nhân viên bán hàng tại công ty TNHH Thái Nakorn Patana Việt Nam với nhiệm vụ được giao là nhận đặt hàng từ các nhà thuốc tây trên địa bàn các tỉnh miền Trung - Tây Nguyên báo về để công ty xuất hàng và hóa đơn cho các nhà thuốc. 

Sau đó, Dĩnh đến các nhà thuốc thu tiền và chuyển về cho công ty trong ngày. Tuy nhiên, trong quá trình làm việc, lợi dụng sự tin tưởng và tín nhiệm của công ty, từ tháng 4 đến tháng 10/2012, Dĩnh đã thu tiền hàng và thuốc của 81 khách hàng với tổng giá trị hơn 814 triệu đồng nhưng không nộp về công ty mà tự ý bỏ túi để tiêu xài cá nhân. 

Đến đầu tháng 10/2012, công ty tiến hành kiểm tra đột xuất và đối chiếu công nợ của khách hàng thì phát hiện Dĩnh đã bỏ túi hơn 814 triệu đồng và yêu cầu Dĩnh phải hoàn trả toàn bộ số tiền này. Tuy nhiên, Dĩnh chỉ trả lại được hơn 181 triệu đồng, còn 633 triệu đồng không có khả năng hoàn trả nên công ty làm đơn tố cáo Dĩnh với cơ quan chức năng. 

Ngày 4/4/2013, Dĩnh bị bắt tạm giam. Đến ngày 3/9/2013 bị Viện kiểm sát nhân dân tỉnh Phú Yên truy tố về tội “lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt  tài sản”.