Tuy nhiên, trong những năm qua, nền kinh tế gặp không ít khó khăn, thách thức, quá trình thực hiện chính sách thuế TNDN cũng nảy sinh một số vấn đề mới từ thực tiễn phát triển kinh tế của đất nước trong môi trường cạnh tranh gay gắt, hội nhập quốc tế ngày càng sâu, rộng hơn. Để tiếp tục đẩy mạnh cải cách hành chính trong lĩnh vực thuế theo chủ trương của Đảng và Nhà nước nhằm tạo môi trường thuận lợi, bình đẳng cho doanh nghiệp. Vì vậy, cần thiết phải sửa đổi, bổ sung chính sách thuế TNDN cho phù hợp thực tế, tạo điều kiện cho doanh nghiệp phát triển SXKD, có thêm nhiều cơ hội để cạnh tranh lành mạnh trên thị trường trong nước và quốc tế. ngày 27/7/2012, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 123/2012/TT-BTC hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế TNDN số 14/2008/QH12 và hướng dẫn thi hành Nghị định số 124/2008/NĐ-CP ngày 11/12/2008, Nghị định số 122/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế TNDN. Theo đó, nội dung mới sửa đổi lần này đã làm rõ việc xác định doanh thu, chi phí; thu nhập chịu thuế; thu nhập được miễn thuế; quy định về thuế suất đối với một số dịch vụ do doanh nghiệp nước ngoài cung cấp vào Việt Nam... Trong đó cũng làm rõ hơn ranh giới xác định thu nhập của DN từ hoạt động SXKD và các khoản thu nhập khác, nhằm khắc phục những tồn tại về chính sách thuế TNDN. Nội dung Thông tư số 123/2012/TT-BTC có một số điểm chính mới được sửa đổi, bổ sung sau đây:

Một là: Về doanh thu tính thuế, hướng dẫn rõ hơn đối với một số trường hợp như: Hoạt động cho thuê tài sản; Hoạt động kinh doanh sân gôn và xác định doanh thu tính thuế trong lĩnh vực kinh doanh bảo hiểm, môi giới bảo hiểm.

 Hai là: Về các khoản chi được trừ và không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế cũng quy định rõ hơn để doanh nghiệp dễ thực hiện như: Trường hợp DN có chi phí liên quan đến phần giá trị tổn thất do thiên tai, dịch bệnh, hoả hoạn và trường hợp bất khả kháng khác không được bồi thường thì khoản chi này được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế. DN phải tự xác định rõ tổng giá trị tổn thất do thiên tai, dịch bệnh, hoả hoạn và trường hợp bất khả kháng khác. Phần giá trị tổn thất do thiên tai, dịch bệnh, hoả hoạn và trường hợp bất khả kháng khác không được bồi thường được xác định bằng tổng giá trị tổn thất trừ phần bồi thường do tổ chức, cá nhân chịu trách nhiệm thanh toán theo quy định của pháp luật. DN phải có đủ hồ sơ (Văn bản của DN giải trình về tài sản, hàng hoá bị tổn thất gửi cơ quan thuế trực tiếp quản lýt; Biên bản kiểm kê giá trị tài sản, hàng hoá bị tổn thất; Văn bản xác nhận của UBND cấp xã, phường, ban quản lý KCN, KCX nơi xảy ra sự việc thiên tai, địch họa, hỏa hoạn...). Đối với hàng hoá bị hư hỏng do hết hạn sử dụng, bị hư hỏng do thay đổi quá trình sinh hoá tự nhiên không được bồi thường thì được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế.

 Về chi khấu hao TSCĐ đối với trường hợp thuộc quyền sở hữu của doanh nghiệp đang dùng cho SXKD nhưng phải tạm thời dừng do sản xuất theo mùa vụ với thời gian dưới 9 tháng; tạm thời dừng để sửa chữa, để di dời di chuyển địa điểm, để bảo trì, bảo dưỡng theo định kỳ, với thời gian dưới 12 tháng, sau đó TSCĐ tiếp tục đưa vào phục vụ cho hoạt động SXKD thì trong khoảng thời gian tạm dừng đó, doanh nghiệp được trích khấu hao và khoản chi phí khấu hao TSCĐ trong thời gian tạm dừng được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế. 

Đối với quyền sử dụng đất lâu dài không được trích khấu hao vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế; quyền sử dụng đất có thời hạn nếu có đầy đủ hoá đơn chứng từ và thực hiện đúng các thủ tục theo quy định của pháp luật, có tham gia vào hoạt động SXKD thì được phân bổ dần vào chi phí được trừ theo thời hạn được phép sử dụng đất ghi trong giấy chứng nhận quyền sử dụng đất.

 Các khoản tiền thưởng, tiền mua bảo hiểm nhân thọ cho người lao động không được ghi cụ thể điều kiện được hưởng và mức được hưởng tại một trong các hồ sơ sau: Hợp đồng lao động; Thoả ước lao động tập thể; Quy chế tài chính của Công ty, Tổng công ty, Tập đoàn; Quy chế thưởng do Chủ tịch Hội đồng quản trị, Tổng giám đốc, Giám đốc quy định theo quy chế tài chính của Công ty, Tổng công ty. Trường hợp hợp đồng lao động của doanh nghiệp ký với lao động là người nước ngoài có ghi khoản chi về tiền học cho con của người nước ngoài học tại Việt Nam theo bậc học phổ thông được doanh nghiệp trả có tính chất tiền lương, tiền công, khoản chi này không trái với các quy định của pháp luật về tiền lương, tiền công và có đầy đủ hoá đơn, chứng từ theo quy định thì được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.

Các khoản trích nộp các quĩ bảo hiểm bắt buộc cho người lao động vượt mức quy định, phần trích nộp kinh phí công đoàn cho người lao động vượt mức quy định; Chi đóng góp hình thành nguồn chi phí quản lý cho cấp trên vượt quá mức quy định của cơ quan quản lý cấp trên; chi đóng góp vào các quỹ của Hiệp hội (các Hiệp hội này được thành lập theo quy định của pháp luật) vượt quá  mức quy định của hiệp hội; Các khoản chi phí trích trước theo kỳ hạn theo chu kỳ mà đến hết kỳ hạn, hết chu kỳ chưa chi hoặc chi không hết; Lỗ chênh lệch tỷ giá hối đoái do đánh giá lại các khoản mục tiền tệ có gốc ngoại tệ cuối kỳ tính thuế (trừ lỗ chênh lệch tỷ giá hối đoái do đánh giá lại các khoản nợ phải trả có gốc ngoại tệ cuối kỳ tính thuế); Các khoản chi không tương ứng với doanh thu tính thuế; Thuế GTGT đầu vào đã được khấu trừ hoặc hoàn; thuế TNDN; thuế TNCN v.v..Các trường hợp nêu trên đều không trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.

 Ba là: Về thu nhập khác bổ sung thêm một số nội dung về: Thu nhập từ chuyển nhượng dự án (không gắn liền với chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất); thu nhập từ chuyển nhượng quyền thực hiện dự án, chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản theo quy định của pháp luật; Thu nhập từ lãi tiền gửi, lãi cho vay vốn, phí bảo lãnh tín dụng và các khoản phí khác trong hợp đồng cho vay vốn. Trường hợp khoản thu từ lãi tiền gửi, lãi cho vay vốn phát sinh cao hơn các khoản chi trả lãi tiền vay theo quy định, sau khi bù trừ phần chênh lệch còn lại tính vào thu nhập khác khi xác định thu nhập chịu thuế. Trường hợp khoản thu từ lãi tiền gửi, lãi cho vay vốn phát sinh thấp hơn các khoản chi trả lãi tiền vay theo quy định, sau khi bù trừ phần chênh lệch còn lại giảm trừ vào thu nhập sản xuất kinh doanh chính khi xác định thu nhập chịu thuế; Thu nhập về chênh lệch tỷ giá của doanh nghiệp phát sinh trong kỳ và chênh lệch tỷ giá do đánh giá lại các khoản nợ phải trả có gốc ngoại tệ; Hoàn nhập các khoản dự phòng (trừ hoàn nhập dự phòng giảm giá hàng tồn kho , dự phòng tổn thất các khoản đầu tư tài chính, dự phòng nợ khó đòi; Hoàn nhập dự phòng bảo hành sản phẩm, hàng hoá đã trích nhưng hết thời gian trích lập không sử dụng hoặc sử dụng không hết; Hoàn nhập trích lập quỹ dự phòng tiền lương).

Bốn là: Đối với hoạt động chuyển nhượng vốn; chuyển nhượng chứng khoán; chuyển nhượng bất động sản. Các văn bản về thuế TNDN trước đây chưa hướng dẫn cụ thể cách xác định thu nhập chịu thuế đối với: Chuyển nhượng vốn không nhận bằng tiền mà nhận bằng tài sản, lợi ích vật chất khác (cổ phiếu, chứng chỉ quỹ...) có phát sinh thu nhập; Trường hợp hợp đồng chuyển nhượng không quy định giá thanh toán hoặc cơ quan thuế có cơ sở để xác định giá thanh toán không phù hợp theo giá thị trường; Doanh nghiệp có chuyển nhượng một phần vốn góp trong doanh nghiệp mà giá chuyển nhượng đối với phần vốn góp này không phù hợp theo giá thị trường; Trường hợp Công ty cổ phần thực hiện phát hành thêm cổ phiếu để huy động vốn thì phần chênh lệch giữa giá phát hành và mệnh giá không tính thuế TNDN.

 Trường hợp Công ty cổ phần tiến hành chia, tách, hợp nhất, sáp nhập mà thực hiện hoán đổi cổ phiếu tại thời điểm chia, tách, hợp nhất, sáp nhập nếu phát sinh thu nhập thì phần thu nhập này phải chịu thuế thu nhập doanh nghiệp TNDN.

  Đối với thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản, Thông tư lần này đã bổ sung thêm một số trường hợp thuộc diện nộp thuế TNDN gồm: Doanh nghiệp thuộc mọi thành phần kinh tế, mọi ngành nghề có thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản; Doanh nghiệp kinh doanh bất động sản có thu nhập từ cho thuê lại đất thuộc diện phải nộp thuế thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản; Thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản bao gồm: thu nhập từ chuyển nhượng quyền sử dụng đất, chuyển nhượng quyền thuê đất (gồm cả chuyển nhượng dự án gắn với chuyển nhượng quyền sử dụng đất, quyền thuê đất theo quy định của pháp luật); Thu nhập từ hoạt động cho thuê lại đất của doanh nghiệp kinh doanh bất động sản theo quy định của pháp luật về đất đai không phân biệt có hay không có kết cấu hạ tầng, công trình kiến trúc gắn liền với đất; Thu nhập từ chuyển nhượng nhà, công trình xây dựng gắn liền với đất, kể cả các tài sản gắn liền với nhà, công trình xây dựng đó nếu không tách riêng giá trị tài sản khi chuyển nhượng không phân biệt có hay không có chuyển nhượng quyền sử dụng đất, chuyển nhượng quyền thuê đất; Thu nhập từ chuyển nhượng các tài sản gắn liền với đất; Thu nhập từ chuyển nhượng quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng nhà ở. Thu nhập từ cho thuê lại đất của doanh nghiệp kinh doanh bất động sản không bao gồm trường hợp doanh nghiệp chỉ cho thuê nhà, cơ sở hạ tầng, công trình kiến trúc trên đất.

Năm là: Về ưu đãi thuế TNDN bổ sung nguyên tắc để áp dụng ưu đãi thuế TNDN đối với dự án đầu tư  là tập hợp các đề xuất bỏ vốn trung và dài hạn để tiến hành các hoạt động đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.

 Trường hợp trong cùng kỳ tính thuế, doanh nghiệp có phát sinh hoạt động kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế bị lỗ, hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế, thu nhập khác của các hoạt động kinh doanh (không bao gồm thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án (không gắn liền với chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất); thu nhập từ chuyển nhượng quyền thực hiện dự án, chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản theo quy định của pháp luật) có thu nhập (hoặc ngược lại) thì doanh nghiệp bù trừ vào thu nhập chịu thuế của các hoạt động có thu nhập do doanh nghiệp lựa chọn.

Ngoài những nội dung chính được sửa đổi, bổ sung trên đây, hướng dẫn mới về thuế TNDN lần này cũng đã lược bỏ bớt các thủ tục về kê khai, nộp thuế, quyết toán thuế và các hồ sơ không còn phù hợp với thực tế hiện nay. Hy vọng rằng Thông tư số 123/2012/TT-BTC hướng dẫn về thuế TNDN có hiệu lực từ ngày 10/9/2012 và áp dụng cho kỳ tính thuế TNDN từ năm 2012 trở đi sẽ góp phần minh bạch hoá thị trường, cải thiện môi trường kinh doanh lành mạnh cho các doanh nghiệp, ngăn chặn hành vi chuyển giá gây tổn hại cho nền kinh tế của đất nước.