Tại cuộc họp, Hải quan TP. Hồ Chí Minh có văn bản cho biết, thời gian vừa qua hải quan thành phố đã tổ chức một số buổi tiếp xúc với doanh nghiệp nhưng chưa có doanh nghiệp nào phản ánh như bài báo nêu. Thế nhưng trong cuộc họp, đại diện Công ty TNHH Thủy sản Gió Mới và Công ty cổ phần Thủy sản Bình Định đều khẳng định có tồn tại những bất cập trên. Ngoài ra, hai công ty này còn cho biết thêm, mặc dù thực hiện khai hải quan điện tử nhưng doanh nghiệp vẫn phải "ôm hồ sơ” lên hải quan để được giải quyết trực tiếp. Bên cạnh đó, sự phối hợp chưa tốt giữa hải quan và cán bộ thú y (lúc có cán bộ hải quan thì thiếu vắng cán bộ thú y và ngược lại) nên hàng hóa thường bị chậm.

Trả lời thắc mắc của báo chí và doanh nghiệp về những bất cập nêu trên, ông Nguyễn Hữu Nghiệp, Phó Cục trưởng Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh khẳng định, việc áp dụng kê khai thủ tục hải quan điện tử đã có nhiều tiến bộ, cụ thể là hồ sơ được giải quyết nhanh chóng hơn. Tuy nhiên, vào những giờ cao điểm như từ 8-10 giờ và từ 14-16 giờ hàng ngày thì thường bị nghẽn mạng. Hải quan thành phố đã có kiến nghị với Tổng cục Bưu điện để nhà mạng bảo đảm giúp hải quan điện tử được thông suốt.

Về mặt hàng xuất khẩu của doanh bị trả về, ông Nghiệp bày tỏ sự thông cảm với doanh nghiệp khi mà toàn bộ chi phí vận chuyển doanh nghiệp phải gồng gánh hết. Song theo quy định, hàng xuất đi trả lại có hai trường hợp, đó là tiêu thụ trong nước hoặc là tái chế. Tại Thông tư 194 quy định cụ thể, đối với hàng xuất bị trả để tái chế thì cho doanh nghiệp được nợ thuế trong vòng 275 ngày, còn nếu không tái xuất doanh nghiệp buộc phải đến kê khai để đóng thuế.

Ông Nghiệp cho biết thêm, trong thời gian tới Cục Hải quan thành phố Hồ Chí Minh sẽ làm thông báo hướng dẫn hồ sơ đối với lô hàng xuất bị trả lại, trong đó có 5 chứng từ mà doanh nghiệp phải chuẩn bị nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho công tác xuất nhập khẩu.