Thông tư 06/2012/TT-BTC quy định chi tiết về việc áp dụng mức thuế suất 0% đối với hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu; hoạt động xây dựng, lắp đặt công trình cho doanh nghiệp chế xuất và các lĩnh vực vận tải quốc tế bao gồm: vận tải hành khách, hành lý, hàng hoá theo chặng quốc tế; dịch vụ của ngành hàng không, hàng hải…

Điều kiện để được hưởng thuế suất 0% khi thực hiện xuất khẩu các loại hàng hóa dịch vụ nêu trên:

- Có hợp đồng bán, gia công hàng hoá xuất khẩu; hợp đồng uỷ thác xuất khẩu; hợp đồng thực hiện dịch vụ, hợp đồng vận chuyển hành lý, hành khách theo chặng quốc tế…; Có chứng từ thanh toán tiền hàng hoá xuất khẩu qua ngân hàng, dịch vụ, chứng từ thanh toán theo hợp đồng vận tải… và các chứng từ khác theo quy định của pháp luật; Có tờ khai hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu;

- Khi xuất khẩu dịch vụ, doanh nghiệp phải có cam kết từ đối tác chứng minh họ là tổ chức nước ngoài không có cơ sở thường trú tại Việt Nam, và không phải là người nộp thuế giá trị gia tăng tại Việt Nam; Cam kết của cá nhân ở nước ngoài là người nước ngoài không cư trú tại Việt Nam, người Việt Nam định cư ở nước ngoài và ở ngoài Việt Nam trong thời gian diễn ra việc cung ứng dịch vụ.

Riêng đối với dịch vụ sửa chữa tàu bay, tàu biển cung cấp cho tổ chức, cá nhân nước ngoài, để được áp dụng thuế suất 0%, ngoài các điều kiện nêu trên, tàu bay, tàu biển đưa vào Việt Nam phải làm thủ tục nhập khẩu, khi sửa chữa xong thì phải làm thủ tục xuất khẩu.

Một điểm đáng lưu ý là nhiều doanh nghiệp khi thực hiện các hoạt động xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ, vận tải quốc tế… trên thực tế thường không xem trọng hình thức giao kết hợp đồng, dẫn đến tình trạng khi thực hiện kê khai thuế, một số hình thức giao kết không được xem là hợp đồng và không đáp ứng đủ các điều kiện luật định để được hưởng thuế suất 0%.

Hình thức Hợp đồng:
- Công văn 4380/CT-TTHT ngày 13/06/12 về chính sách thuế của Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh đã chỉ ra rằng Hợp đồng có thể được ký kết dưới hai hình thức bằng văn bản hoặc bằng tài liệu giao dịch.

- Hợp đồng ký kết bằng văn bản tức là hai bên cùng ký hoặc một bên ký trước, bên khác ký sau nhưng cùng ký trên một văn bản.

- Hợp đồng ký kết bằng tài liệu giao dịch bao gồm những loại tài liệu như công văn, điện báo, đơn chào hàng, đơn đặt hàng (có thể qua email) có xác nhận các thông tin mua bán quy định rõ ràng quyền và nghĩa vụ của các bên trong quan hệ kinh tế mua bán.

Các hình thức giao dịch khác như thư từ, điện thoại, giấy giới thiệu, giấy biên nhận, biên lai, hoá đơn, vé tàu xe, sổ tiết kiệm... không được xem là tài liệu giao dịch để ký kết hợp đồng kinh tế, mà chỉ có ý nghĩa làm chứng cứ trong quan hệ hợp đồng kinh tế.

Ngoài ra, các doanh nghiệp cũng cần chú ý rằng vận đơn (Bill of loading) được xem là chứng từ liên quan đến việc thực hiện hợp đồng kinh tế nên vận đơn không được sử dụng để thay thế hợp đồng vận chuyển để được áp dụng thuế suất thuế Giá trị gia tăng 0% như quy định nêu trên.