Được chính thức khởi động tại Hà Nội ngày 28/3/2013, sau 8 phiên đàm phán chính thức và nhiều phiên họp giữa kỳ ở cấp kỹ thuật, Việt Nam và Liên minh Hải quan đã cơ bản thống nhất nội dung Hiệp định với phạm vi toàn diện, mức độ cam kết cao và bảo đảm cân bằng lợi ích, có tính đến điều kiện cụ thể của từng bên. Liên minh Hải quan dành cho Việt Nam ưu đãi thuế quan, tạo cơ hội xuất khẩu mới quan trọng đối với các nhóm hàng Việt Nam có lợi ích cơ bản như nông sản, thủy sản và hàng công nghiệp như dệt, may, da giày và đồ gỗ. Việt Nam đồng ý mở cửa thị trường có lộ trình cho Liên minh Hải quan đối với một số sản phẩm chăn nuôi, một số mặt hàng công nghiệp gồm máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải. Các mặt hàng này đều không cạnh tranh với hàng hóa Việt Nam mà ngược lại góp phần làm đa dạng thị trường tiêu dùng trong nước. Các cam kết khác về dịch vụ, đầu tư, sở hữu trí tuệ, cạnh tranh, phòng vệ thương mại, giải quyết tranh chấp... đều được thống nhất trên cơ sở các quy định của Tổ chức Thương mại Thế giới(WTO), bảo đảm cân bằng lợi ích, phù hợp với quy định pháp luật trong nước tại lĩnh vực liên quan và không ảnh hưởng đến các cuộc đàm phán khác của Việt Nam hiện nay.

Trước khi Hiệp định được ký kết, nhiều doanh nghiệp thuộc các ngành xuất khẩu chủ lực của Việt Nam như thủy sản, dệt may, da giày đều cho rằng, về lâu dài Hiệp định sẽ tạo thuận lợi cho cả hai bên, nhưng trước mắt còn không ít khó khăn. Theo Phó chủ tịch Hiệp hội chế biến xuất khẩu thủy sản Việt Nam (VASEP) Nguyễn Hữu Dũng, doanh nghiệp quan tâm không phải mức thuế, mà là tiêu chí lựa chọn để được xuất khẩu.  Thứ hai, là câu chuyện có hợp đồng mới được xuất khẩu, nhưng được xuất khẩu thì làm sao ký hợp đồng - đấy mới là bức xúc chứ không phải mức thuế. Cũng theo ông Nguyễn Hữu Dũng, hiện tại Việt Nam có hơn 400 doanh nghiệp có code EU, có vùng nguyên liệu, đạt các tiêu chuẩn để xuất khẩu sang EU, mà yêu cầu của EU là cao nhất. Nhưng hiện giờ chỉ có 16 doanh nghiệp được xuất khẩu thủy sản sang Nga.

Đối với da giày, một trong những mặt hàng được coi là sẽ hưởng lợi nhiều khi thuế về 0, thì trên thực tế, kim ngạch xuất khẩu sang Nga đạt rất thấp, khoảng 200 triệu USD trên tổng kim ngạch xuất khẩu toàn ngành dự kiến 9 tỷ USD trong năm 2014. Phó chủ tịch Hiệp hội Da giày Việt Nam Diệp Thành Kiệt phân tích, việc thuế giảm thế nào phải tìm hiểu thêm. Đương nhiên, về nguyên tắc, đàm phán FTA là có lợi, nhưng thuế, cách tính xuất xứ…còn phải xem lại. Ví dụ cho hưởng thuế ưu đãi, nhưng hàng của nước ta ít đi trực tiếp từ Việt Nam, mà chỉ ghi xuất xứ Việt Nam. Trong khi, một thời gian dài Nga đánh thuế cao với các mặt hàng da già xuất đi thẳng từ Việt Nam, do đó phải qua nước thứ ba.

Như vậy có thể hiểu, lý do chính khiến ngành da giày lo ngại khó tận dụng được cơ hội giảm thuế khi Hiệp định được ký kết, đó là tỷ lệ gia công trong ngành da giày còn cao. Còn đối với ngành dệt may, đại diện Hiệp hội lại lo lắng ở khía cạnh thị trường Nga và Liên minh Hải quan nói chung chưa có sự minh bạch trong nhập khẩu hàng hóa, cách tính thuế, thủ tục hải quan...

Đánh giá về những thuận lợi và thách thức khi Hiệp định được ký kết, Chủ tịch HĐQT Tổng công ty thương mại Hà Nội (Hapro) Nguyễn Hữu Thắng nhìn nhận, việc ký hiệp định không có nghĩa thuận lợi ngay, về lý thuyết và theo lộ trình là thuận lợi nhưng còn nhiều việc phải giải quyết. Trước đây thuế suất cao, có hiệp định thì thuế thấp là thuận lợi. Thứ hai, thị trường 3 nước này xưa nay chưa bài bản trong giao dịch với Việt Nam, họ có kỹ thuật để đưa hàng vào cạnh tranh với hàng chính thức, theo hiệp định. Hàng lách thuế, gian lận thương mại cạnh tranh lẫn nhau thì hàng chính thức sẽ thuận lợi, khi hàng rào kỹ thuật quản lý của 3 nước này tốt hơn, hàng xuất lậu từ Việt Nam ít đi.

Về lâu dài, muốn tận dụng tối đa cơ hội thị trường khi Hiệp định được ký kết, theo Vụ trưởng Vụ thị trường châu Âu, Bộ Công thương Đặng Hoàng Hải, về phía Việt Nam, bên cạnh sự hỗ trợ của các cơ quan quản lý, các doanh nghiệp không có cách nào khác, ngoài nâng cao năng lực của mình.