Do đó, trong khoa học phong thủy, nếu khéo léo vận dụng ngũ hành có thể mang lại sự hài hòa, cân bằng đối với trường khí nội thất. Ngược lại, nếu bố trí giếng trời tùy tiện thì hậu quả sẽ không tốt.

Mục đích của việc bố trí giếng trời là nạp vào nhiều ánh sáng hay giúp không khí lưu thông tốt. Phong thủy gọi trường hợp này là cân bằng âm dương, đặt giếng trời ở khoảng giữa nhà chính giúp kích hoạt luồng khí, đồng thời tăng cường tính hoạt động của Trung Cung Dương Cơ.

Nhưng nếu nhà không quá dài, không bị tối, diện tích nhỏ, không có các phòng bị kẹp giữa thì không cần thiết phải bố trí giếng trời ở giữa. Đối với trường hợp này nên thông thiên ở phía sau và tạo thông gió cho nóc buồng thang, kết hợp với sân phơi, sàn nước là đủ.

Bố trí giếng trời trong nhà thậm chí gây nên chói chang, đặc biệt là các hướng có ánh sáng mặt trời gay gắt (trong phong thuỷ gọi là làm mất cân bằng Dương thịnh Âm suy).

Gia chủ đừng nên biến không gian giếng trời thành cái giếng hút khí đơn thuần mà nên bố trí làm không gian sinh hoạt. Cách tốt nhất là kết hợp hành lang với giếng trời làm khoảng đặt cây xanh hoặc chỗ nghỉ ngơi thư giãn vốn rất hiếm hoi trong điều kiện nhà ống hiện đại. Nếu cần tiết kiệm diện tích, giếng trời có thể đặt bên cạnh cầu thang hay kết hợp với ô trống giữa.

Cách làm này so với bố trí giếng trời trực tiếp không thông thoáng bằng. Tuy nhiên, khi trên nóc thang có cửa trời dạng chéo (Hỏa sinh Thổ) thì khả năng luân chuyển dòng khí trong nhà vẫn rất. Gia chủ có thể trang trí vách cầu thang này làm một trục nhấn toàn nhà.

Thiết kế giếng trời cần xem xét thực tế nhà ở phương hướng, nắng gió như thế nào để đặt mái che giếng trời thích hợp nhằm tiết ánh sáng và chống nắng gắt, mưa tạt vào trong nhà.

Trường hợp giếng trời để trống hoàn toàn tựa như một sân trời thì việc thu nước mưa, tạo non bộ, sân vườn, xử lý nền, tường bên hông nhà... cần làm kỹ để tránh bị thấm dột và đạt được hiệu quả sử dụng.