Về mẫu ấn chỉ, đối với Chi cục Hải quan chuyển phát nhanh, Bưu điện lượng hàng hóa của mỗi tờ khai rất nhỏ lẻ, nhưng số lượng tờ khai lại rất lớn. Việc xử lý tịch thu tang vật hiện nay vẫn thực hiện giống như ở các đơn vị khác, là phải 6 mẫu ấn chỉ gồm 13 bản, với 41 chữ kí của cả cơ quan Hải quan và doanh nghiệp bưu chính.

Theo Hải quan TP. Hồ Chí Minh, quy định trên gây lãng phí về nhân lực và tài chính, kéo dài thời gian xử lý, thông quan hàng hóa. Để khắc phục tình trạng này, Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh đề xuất bổ sung mẫu ấn chỉ riêng cho Chi cục Hải quan chuyển phát nhanh, Bưu điện để đơn giản hóa trình tự thủ tục tịch thu tang vật theo hướng thuận lợi, phù hợp với cải cách thủ tục hành chính và đặc thù của doanh nghiệp bưu chính, chuyển phát nhanh.

Tại điểm b, điểm c khoản 2 Điều 3 Dự thảo quy định thời hạn để các nhân, tổ chức được coi là vi phạm lần đầu hay tái phạm căn cứ vào “Ngày chấp hành xong quyết định xử phạt”. Theo Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh, việc doanh nghiệp đã chấp hành xong quyết định xử phạt hay chưa rất khó quản lí do hiện nay chương trình theo dõi thông tin vi phạm không có tiêu chí theo dõi thực hiện hình thức xử phạt bổ sung, biện pháp khắc phục hậu quả, biên lai thu phạt.

Vì vậy, khi cán bộ thụ lý tra cứu thông tin vi phạm của doanh nghiệp không thể xác định được ngày doanh nghiệp chấp hành xong quyết định xử phạt.

Để khắc phục hạn chế trên, Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh đề xuất bổ sung tiêu chí theo dõi biên lai thu phạt, thực hiện hình thức xử phạt bổ sung, thực hiện biện pháp khắc phục hậu quả vào chương trình theo dõi vi phạm.

Bên cạnh đó, Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh cũng đề nghị trong dự thảo cần quy định cụ thể hơn về câu chữ để thuận lợi trong việc thực hiện. Chẳng hạn, như thế nào thì được coi là gây hậu quả nghiệm trọng, cần có tiêu chí cụ thể, đồng thời xác định hậu quả nghiêm trọng để làm gì?

Điều 25 dự thảo, Điều 62, 63 Luật Xử lý vi phạm hành chính 2012 không quy định trường hợp: quá thời hạn hai tháng kể từ ngày chuyển hồ sơ cho cơ quan điều tra mà cơ quan Hải quan vẫn chưa nhận được quyết định khởi tố hay không khởi tố.

Để đảm bảo thời hạn xử lý vi phạm hành chính, tránh phụ thuộc vào các cơ quan khác, Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh đề xuất bổ sung nội dung: Khi hết thời hạn quy định tại Điều 103 Bộ luật Tố tụng hình sự mà cơ quan Hải quan chưa nhận được quyết định khởi tố hay không khởi tố của cơ quan điều tra, thì trong vòng 7 ngày làm việc, cơ quan Hải quan sẽ ban hành quyết định xử phạt  vi phạm hành chính.