Năm 2013, thực hiện chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ về đo thời gian giải phóng hàng hóa XNK qua các cảng/cửa khẩu cấp quốc gia, theo hướng dẫn của Tổng cục Hải quan, Cục Hải quan BR-VT đã phối hợp với cơ quan cảng, các cơ quan quản lý chuyên ngành tổ chức thực hiện đo thời gian giải phóng hàng tại Cảng Cái Mép.

Kết quả, đối với hàng NK, thời gian từ khi hàng đến cảng cho đến khi hàng đã có quyết định thông quan/giải phóng hàng ra khỏi khu vực giám sát hải quan tại Chi cục là 111 giờ 52 phút 9 giây (kết quả chung của TCHQ là 115 giờ 00 phút 17 giây); đối với hàng XK là 38 giờ 21phút 56 giây (kết quả chung của TCHQ là 32 giờ 37 phút 55 giây). Thời gian trung bình tiếp nhận và đăng ký tờ khai dưới 5 phút, kiểm tra hồ sơ giấy dưới 2 giờ, kiểm tra thực tế hàng hóa dưới 8 giờ.

Từ ngày 28-4-2014 đến nay, Chi cục HQCK Cảng Cái Mép đã triển khai thực hiện thủ tục hải quan điện tử trên hệ thống VNACCS/VCIS đạt 100% đối với các loại hình hàng hóa quy định trong Thông tư 22/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính. Kết quả khi thực hiện VNACCS/VCIS thời gian tiếp nhận và đăng ký tờ khai chỉ còn 3 giây (một số trường hợp do tờ khai nhiều mặt hàng, hệ thống phải kiểm tra một số tiêu chí riêng thì thời gian tối đa là 3 phút), thời gian kiểm tra hồ sơ giấy khi bộ hồ sơ đầy đủ từ khoảng 10 phút đến 2 giờ (đối với một số trường hợp nhiều dòng hàng, mặt hàng mới phức tạp), thời gian kiểm tra thực tế trung bình từ 30 phút đến 8 giờ (tùy theo dòng hàng và số lượng). Như vậy có thể thấy, việc triển khai VNACCS/VCIS tại Cảng Cái Mép là một bước tiến lớn trong việc rút ngắn thời gian thông quan, tạo thuận lợi cho hoạt động XNK của DN.

Tuy nhiên theo ông Trần Văn Danh, Cục trưởng Cục Hải quan Bà Rịa - Vũng Tàu, để thực hiện mục tiêu của Chính phủ đề ra đến năm 2015 giảm thời gian làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa XNK ngang bằng với mức bình quân của các nước ASEAN-6 nếu chỉ có sự nỗ lực của cơ quan Hải quan là chưa đủ vì thủ tục XNK hàng hóa có liên quan đến rất nhiều cơ quan, đơn vị thuộc các bộ, ngành cũng như: các DN kinh doanh kho, bãi, cảng, logistics.

Qua khảo sát của Cục Hải quan Bà Rịa - Vũng Tàu, có nhiều nguyên nhân dẫn đến kéo dài thời gian thông quan tại cảng như, DN chậm xuất trình hồ sơ/hàng hóa để cơ quan Hải quan kiểm tra, khi có kết quả kiểm tra chuyên ngành không nộp bổ sung ngay vào bộ hồ sơ hải quan; dịch vụ kho bãi, cảng, giao nhận hàng hóa còn chậm, chưa chuyên nghiệp. Ngoài ra thời gian kéo dài chủ yếu do hàng hóa phải đợi kết quả kiểm tra từ các cơ quan kiểm tra chuyên ngành. Hiện nay, lưu lượng hàng hóa qua các cảng thuộc khu vực Cái Mép - Thị Vải thuộc đối tượng phải kiểm tra chuyên ngành rất lớn và có xu hướng ngày càng tăng.

Khoảng 20 mặt hàng có số lượng XNK lớn thông qua cảng như: lúa mỳ, bắp hạt, phân bón, gỗ , sắt thép, xe ô tô, xe máy đều thuộc diện kiểm tra chuyên ngành. Thủ tục xuất nhập khẩu hàng hóa có liên quan đến rất nhiều cơ quan, đơn vị thuộc các bộ, ngành cũng như các doanh nghiệp kinh doanh kho, bãi, cảng, logistics... trong đó thời gian có kết quả sớm nhất dao động từ 3 ngày đến 15 ngày và thời gian muộn nhất có kết quả dao động từ 10 ngày đến 30 ngày, tùy từng mặt hàng.

Điển hình như lúa mỳ, bắp hạt phải kiểm tra nhà nước về chất lượng và kiểm dịch thực vật sớm nhất từ 4-10 ngày, muộn nhất từ 25-30 ngày, clanke/ximăng kiểm tra chuyên ngành/giấy chứng nhận hợp quy. Từ 28 đến 30 ngày hoặc mặt hàng xe mô tô NK thuộc đối tượng phải kiểm tra nhà nước về chất lượng, kiểm tra lần đầu về tiêu chuẩn khí thải. Tuy nhiên, các cơ sở đăng kiểm tại địa phương không thực hiện được, phải đưa ra Hà Nội để kiểm tra dẫn tới kéo dài thời gian thông quan hàng hóa.

Để rút ngắn thời gian thông quan hàng hóa, theo ông Trần Văn Danh, tại các cửa khẩu cần có đại diện của các cơ quan quản lý chuyên ngành để kiểm tra những hàng hóa thuộc diện quản lý của cơ quan mình.  Bên cạnh đó, cần thành lập một trung tâm kiểm tra chuyên ngành phía Nam tại TP. Hồ Chí Minh là nơi có lưu lượng hàng hóa lớn để giảm bớt thời gian thông quan  hàng hóa, giảm thời gian và chi phí cho DN. Đồng thời, để  xác định rõ trách nhiệm của các cơ quan chức năng trong việc thông quan hàng hoá cần tách bạch thời gian xử lý của từng cơ quan trong quá trình thông quan hàng hóa tại các cửa khẩu.