1. Hàng hóa, dịch vụ bán vào khu phi thuế quan không được sử dụng hóa đơn xuất khẩu

Theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 3 Thông tư 153/2010/TT-BTC, doanh nghiệp được sử dụng hóa đơn xuất khẩu khi bán hàng hóa, dịch vụ vào khu phi thuế quan và các trường hợp được coi như xuất khẩu.

Nếu vừa có hoạt động bán hàng hóa, dịch vụ trong nội địa vừa có hoạt động bán hàng hóa, dịch vụ vào khu phi thuế quan thì được lựa chọn sử dụng hóa đơn Giá trị gia tăng (GTGT) hoặc hóa đơn xuất khẩu (tiết k khoản 1 Điều 4).

Tuy nhiên, kể từ ngày 1/7/2013, theo Thông tư 64/2013/TT-BTC, hóa đơn xuất khẩu chỉ dành riêng cho hàng hóa, dịch vụ bán ra khỏi lãnh thổ Việt Nam (trừ vận tải quốc tế sử dụng hóa đơn GTGT). Còn lại, hàng hóa, dịch vụ mua bán trên lãnh thổ Việt Nam, kể cả khu phi thuế quan và các trường hợp được coi như xuất khẩu đều phải sử dụng hóa đơn GTGT hoặc hóa đơn bán hàng nếu bên bán khai thuế theo phương pháp trực tiếp (khoản 2 Điều 3).

Theo khoản 1 Điều 5 Luật Thuế xuất, nhập khẩu số 45/2005/QH11, khu phi thuế quan là khu vực kinh tế do Thủ tướng thành lập, nằm trong lãnh thổ Việt Nam, có ranh giới địa lý xác định nhưng quan hệ mua bán, trao đổi hàng hóa giữa khu này với bên ngoài là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu.

Khu phi thuế quan bao gồm: khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất, kho bảo thuế, khu bảo thuế, kho ngoại quan, khu kinh tế thương mại đặc biệt, khu thương mại - công nghiệp và các khu vực kinh tế khác được thành lập theo Quyết định của Thủ tướng (khoản 2 Điều 1 Nghị định số 87/2010/NĐ-CP ).

 Các trường hợp được coi như xuất khẩu theo Điều 17 Thông tư 06/2012/TT-BTC gồm có: hàng gia công chuyển tiếp; hàng xuất khẩu tại chỗ; hàng hóa, vật tư xuất khẩu để thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài và hàng hóa, vật tư mua bán giữa các doanh nghiệp Việt Nam nhưng giao hàng tại nước ngoài.

2. Hóa đơn tự in từ máy tính: Được sử dụng cho năm sau nếu còn tồn

Theo giải thích về ký hiệu hóa đơn tại khoản 1b Điều 4 Thông tư số 64/2013/TT-BTC, đối với hóa đơn tự in từ máy tính, hai chữ số cuối của năm có thể là "năm thông báo phát hành hoặc năm hóa đơn được in ra". Như vậy, nếu doanh nghiệp chưa sử dụng hết số hóa đơn tự in từ phần mềm đã thông báo phát hành trong năm trước thì năm sau vẫn tiếp tục được sử dụng cho đến hết.

 Ví dụ, năm 2013 doanh nghiệp thông báo phát hành 500 số hóa đơn tự in (có ký hiệu AB/13T chẳng hạn) nhưng hết năm 2013 chỉ mới sử dụng 400 số thì 100 số hóa đơn còn thừa vẫn được giữ lại để sử dụng trong năm 2014. Tại thời điểm năm 2014, hai chữ số cuối của năm "/13T" sẽ được hiểu là năm thông báo phát hành.

Trước đó, Thông tư 153/2010/TT-BTC (đính chính tại Công văn 5129/TCT-TVQT ngày 15/12/2010) chỉ quy định hai chữ số cuối của năm trong ký hiệu hóa đơn là năm hóa đơn được tạo (in) ra nên hóa đơn tự in đã thông báo phát hành năm trước nếu còn thừa sẽ phải hủy bỏ, không được tiếp tục sử dụng cho năm sau.

3. Hóa đơn bán ô tô, xe máy, nhà đất tối thiểu phải có 3 liên 

Kể từ ngày 1/7/2013, khi bán các mặt hàng là tài sản cần đăng ký quyền sở hữu như ô tô, xe máy, nhà đất, … doanh nghiệp bắt buộc phải phát hành hóa đơn có ít nhất 3 liên và phải giao cho người mua hai liên (gồm “liên 2” và một liên dùng để đăng ký quyền sở hữu).

 Đồng thời, trên hóa đơn phải thể hiện các loại số hiệu, ký hiệu đặc trưng của hàng hóa mà khi đăng ký sở hữu có yêu cầu như số khung, số máy của ô tô, mô tô; địa chỉ, cấp nhà, chiều dài, chiều rộng, số tầng của nhà hoặc căn hộ, … (điểm a khoản 2 Điều 14).

Trường hợp bên bán chỉ tạo hóa đơn hai liên dẫn đến người mua không có hóa đơn để hạch toán, kê khai thuế (do liên 2 hóa đơn phải lưu tại cơ quan đăng ký quyền sở hữu) thì người mua được sử dụng các chứng từ sau để thay thế: bản chụp liên 2 có xác nhận của bên bán, chứng từ thanh toán, biên lai trước bạ.

4. Hóa đơn tự in phải có tiêu thức “tên tổ chức cung ứng phần mềm tự in hóa đơn” 

Nếu như khoản 1i Điều 4 Thông tư 153/2010/TT-BTC chỉ bắt buộc hóa đơn đặt in phải ghi tiêu thức “tên tổ chức nhận in hóa đơn” thì nay theo Thông tư 64/2010/TT-BTC hóa đơn tự in cũng bắt buộc phải ghi tiêu thức “tên, mã số thuế của tổ chức cung ứng phần mềm tự in hóa đơn” và hóa đơn điện tử phải ghi “tên tổ chức trung gian cung cấp giải pháp hóa đơn điện tử”. Quy định này vẫn áp dụng trong trường hợp bên bán tự cung ứng phần mềm tự in hóa đơn hoặc tự cung cấp giải pháp hóa đơn điện tử .

5. Được phép sử dụng tiếng Việt không dấu trên hóa đơn 

Nhằm tháo gỡ vướng mắc về chữ viết và chữ số trên hóa đơn, ngày 28/3/2011, Bộ Tài chính đã ban hành Công văn 4016/BTC-TCT cho phép doanh nghiệp được sử dụng tiếng Việt không dấu và dấu phân cách hàng ngàn là dấu phẩy, thay vì phải là dấu chấm.

Tuy nhiên, đây chỉ là ngoại lệ dành cho các Công ty trực thuộc các Tập đoàn đa quốc gia đang sử dụng chung hệ thống phần mềm kế toán của Tập đoàn với nhược điểm không thể hiện được tiếng Việt và dấu phân cách hàng ngàn là dấu phẩy.

 Kể từ ngày 1/7/2013, tất cả các doanh nghiệp nếu đang dùng phần mềm kế toán với nhược điểm “dấu phân cách hàng ngàn là dấu phẩy, phân cách hàng đơn vị là dấu chấm và chữ viết trên hóa đơn là tiếng Việt không dấu”, đồng thời có văn bản đăng ký với cơ quan Thuế đều được phép ghi hóa đơn như trường hợp ngoại lệ nêu trên (khoản 1k Điều 4 Thông tư 64/2013/TT-BTC ).

6. Không giới hạn chiều dài của hóa đơn tự in từ giấy cuộn 

Nếu như khoản 1 Điều 4 Thông tư 153/2010/TT-BTC bắt buộc các loại hóa đơn đều phải có cùng kích thước (dài - rộng) bất kể được tạo lập theo hình thức nào thì nay Thông tư 64/2013/TT-BTC đã quy định một trường hợp ngoại lệ không bị hạn chế kích thước chiều dài dành cho "hóa đơn tự in từ giấy cuộn" (một loại giấy dành riêng cho máy tính tiền).

Theo đó, độ dài của hóa đơn tự in từ giấy cuộn sẽ tùy thuộc vào độ dài của danh mục hàng hóa bán ra.

7. Nhà thầu nước ngoài, ban quản lý dự án được mua hóa đơn của cơ quan Thuế

Theo quy định tại khoản 2đ Điều 5 Thông tư 153/2010/TT-BTC, tổ chức không phải là doanh nghiệp nhưng có hoạt động kinh doanh thì được mua hóa đơn của cơ quan Thuế.

 Tổ chức không phải là doanh nghiệp nhưng có hoạt động kinh doanh được hiểu là các tổ chức có hoạt động kinh doanh nhưng không được thành lập và hoạt động theo Luật Doanh nghiệp và pháp luật kinh doanh chuyên ngành khác.

 Kể từ 1/7/2013, theo khoản 2 Điều 5 Thông tư 64/2013/TT-BTC, tổ chức ngoài doanh nghiệp được mua hóa đơn của cơ quan Thuế có bao gồm cả "hợp tác xã, nhà thầu nước ngoài và ban quản lý dự án".

8. Doanh nghiệp cung ứng phần mềm tự in hóa đơn phải có đăng ký ngành lập trình hoặc xuất bản phần mềm 

Một trong những sửa đổi quan trọng của Thông tư 64/2013/TT-BTC là quy định rõ điều kiện và trách nhiệm của tổ chức cung ứng phần mềm tự in hóa đơn.

 Theo đó, tổ chức cung ứng phần mềm tự in hóa đơn phải là doanh nghiệp có đăng ký kinh doanh ngành nghề lập trình máy vi tính hoặc xuất bản phần mềm, trừ trường hợp tự cung ứng.

 Như vậy, nếu bên bán chỉ cung ứng phần mềm tự in hóa đơn cho mình sử dụng thì không bắt buộc phải đáp ứng các điều kiện nêu trên. Tuy nhiên, nếu cung ứng cho đối tượng khác thì phải có Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh ngành nghề lập trình hoặc xuất bản phần mềm.

 Hàng năm, doanh nghiệp cung ứng phần mềm  tự in hóa đơn phải lập hai báo cáo (theo mẫu số 3.7 Phụ lục 3, Thông tư 64/2013/TT-BTC) gửi cơ quan Thuế, gồm báo cáo tình hình cung ứng phần mềm tự in hóa đơn 6 tháng đầu năm và 6 tháng cuối năm. Trong đó, thời hạn nộp báo cáo lần 1 chậm nhất là ngày 20/7, báo cáo lần 2 chậm nhất là ngày 20/1 năm sau.

9. Gạch chéo phần còn trống trên hóa đơn in từ máy tính: Không buộc phải cùng màu mực 

Theo quy định tại khoản 1 Điều 14 Thông tư 153/2010/TT-BTC, hóa đơn tự in từ máy tính, nếu thiếu dấu gạch chéo phần còn trống hoặc gạch chéo bằng bút viết cho dù cùng màu mực cũng bị xem là hóa đơn lập sai quy định, buộc phải thu hồi và phát hành lại.

Tuy nhiên, do thực tế có rất nhiều doanh nghiệp sử dụng phần mềm in hóa đơn không hỗ trợ công cụ tự động gạch chéo phần còn trống nên ngày 24/5/2013, Tông cục Thuế đã ban hành Công văn số 1710/TCT-CS nhằm chấp nhận tạm thời các hóa đơn lập sai nêu trên cho đến khi có quy định mới.

Kể từ 1/7/2013, theo quy định tại khoản 1 Điều 14 Thông tư 64/2013/TT-BTC, trường hợp hóa đơn tự in hoặc đặt in được lập bằng máy tính nếu có phần còn trống trên hóa đơn thì gạch chéo bằng bút mực. Loại mực được phép gạch chéo không bắt buộc phải cùng màu, chỉ cần là loại không phai và không phải là mực đỏ.

10. Quy định rõ trách nhiệm khi mất hóa đơn trong quá trình giao nhận 

Đây là nội dung mới được bổ sung tại khoản 2 Điều 22 Thông tư số 64/2013/TT-BTC . Theo đó, trường hợp hóa đơn liên 2 bị mất có liên quan đến bên thứ ba, ví dụ như đơn vị vận chuyển hàng, đơn vị nhận chuyển hóa đơn, thì trách nhiệm sẽ thuộc về bên bán hoặc bên mua tùy theo “đơn vị vận chuyển” được bên bán hay bên mua thuê.

11. Giãn thời hạn báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn thêm 10 ngày 

Theo đó, kể từ 1/7/2013 thời hạn nộp báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn được quy định như sau:

- Báo cáo hóa đơn quý I: chậm nhất là ngày 30/4 (quy định trước đó là 20/4).

- Báo cáo hóa đơn quý II: chậm nhất là ngày 30/7 (trước đó là 20/7).

- Báo cáo hóa đơn quý III: chậm nhất là ngày 30/10 (trước đó là 20/10).

- Báo cáo hóa đơn quý IV: chậm nhất là ngày 30/1 năm sau (trước đó là 20/1).