Kim ngạch thương mại hai chiều Indonesia và Việt Nam đang rất gần với mốc 5 tỷ USD trong vòng ba năm qua, và Việt Nam là một đối tác thương mại xếp thứ 14 của Indonesia trong tất cả các đối tác thương mại ở những quốc gia khác. Với quan hệ đối tác chiến lược của cả hai nước, hợp tác kinh tế và thương mại với Việt Nam có thể sẽ được cải thiện hơn nữa trong tương lai. Bên cạnh đó, “Chương trình hành động” cũng đã đưa ra một loạt các hình thức hợp tác kinh tế cụ thể  và có thể tiến hành ngay.

Những mặt hàng chủ yếu mà Indonesia xuất khẩu sang Việt Nam là: Giấy các loại (253,59 triệu USD), hóa chất (148,62 triệu USD), máy móc, linh kiện (146,83 triệu USD), dầu động vật, thực vật (100,76 triệu USD), xe ô tô và linh kiện (91,77 triệu USD)…

Trong khi đó, các mặt hàng chủ lực mà Việt Nam xuất khẩu sang Indonesia là: Điện thoại di động và linh kiện (654,42 triệu USD), thép các loại (325,82 triệu USD), nguyên phụ liệu dệt may, giày, da (98,08 triệu USD), gạo (91,32 triệu USD), các sản phẩm may mặc (88,79 triệu USD), các sản phẩm nhựa (68,66 triệu USD), cà phê (25,20 triệu USD)…

Trong lĩnh vực đầu tư, Indonesia xếp hạng 26 trong danh sách các quốc gia đầu tư tại Việt Nam với 38 dự án có vốn đầu tư khoảng 320,52 triệu USD trong giai đoạn 1988-2013. Tuy nhiên, vốn đầu tư của Indonesia vào Việt Nam có thể hơn 2 tỷ USD vì được đăng ký qua nước thứ 3.
 
Đầu tư từ Indonesia vào Việt Nam chủ yếu ở những lĩnh vực như công nghiệp chế biến, lưu trú, dịch vụ ăn uống, y tế và trợ giúp xã hội, khai khoáng, giao thông, bán sỉ, lẻ, sửa chữa, nông nghiệp, ngư nghiệp, nghệ thuật và giải trí, xây dựng, dịch vụ hỗ trợ hành chính, viễn thông và xi măng.

Việt Nam hiện có 8 dự án đầu tư tại Indonesia với tổng vốn là 49,66 triệu USD. Theo Bộ Kế hoạch Đầu tư Việt Nam, Việt Nam đầu tư vào những lĩnh vực như khai thác dầu khí, bán lẻ, xuất nhập khẩu, thông tin truyền thông, xe gắn máy và linh kiện xe ô tô.

Ông Lê Tôn Thanh, Chủ tịch Hội Hữu nghị Việt Nam-Indonesia, cho biết trong năm 2013, hai nước đã ký kết một số Biên bản ghi nhớ, như: Biên bản ghi nhớ Hợp tác sản phẩm Nông nghiệp, Biên bản ghi nhớ Hợp tác trong lĩnh vực Năng lượng và Biên bản ghi nhớ Hợp tác về tài chính. Cả hai nước cũng nhất trí thành lập Tiểu ban hợp tác về năng lượng và an ninh lương thực (JCFESC) năm 2014 trong khuôn khổ Ủy ban hỗn hợp về hợp tác kinh tế, khoa học và kỹ thuật (JCESTC).

Theo ngài Mayerfas, là một nước có hơn 240 triệu dân, hiện nay Indonesia có nhu cầu nhập khẩu đối với các sản phẩm nông nghiệp như gạo, thực phẩm... Vì vậy, Chính phủ Indonesia đã và đang có nhiều chính sách ưu đãi hỗ trợ để kêu gọi các nhà đầu tư nước ngoài nói chung và Việt Nam nói riêng đầu tư vào những lĩnh vực này.

Bên cạnh đó, quan hệ giao thương trong các lĩnh vực khác như văn hóa, du lịch, giáo dục cũng đang ngày một phát triển.

Chỉ riêng trong lĩnh vực du lịch, năm 2013 có hơn 300.000 du khách Indonesia đã đến Việt Nam và ngược lại du khách Việt Nam cũng đã dần xem Indonesia là một điểm đến du lịch hấp dẫn và thân thiện. Tổng lãnh sự quán Indonesia đã tổ chức và tham gia ít nhất 27 chương trình hoạt động văn hóa và tham gia vào các sự kiện, hội chợ từ thiện, triển lãm du lịch và lễ hội văn hóa do phía Việt Nam tổ chức.