Một hình thức lợi dụng phổ biến của doanh nghiệp khi thực hiện thủ tục hải quan điện tử là khai báo nhiều tờ khai cho 1 lô hàng để thăm dò kết quả phân luồng. Nếu tỷ lệ phân luồng Xanh (chỉ kiểm tra sơ bộ, không kiểm tra thực tế hàng hóa) cao thì doanh nghiệp mới đăng ký chính thức và tiếp tục làm các thủ tục để thông quan. Trường hợp bị phân luồng Đỏ (phải kiểm tra thực tế hàng hóa) doanh nghiệp sẽ hủy tờ khai. Cách kê khai thủ tục hải quan điện tử này của doanh nghiệp đã khiến trong 5 tháng đầu năm, toàn Cục Hải quan Hải Phòng có 3.651 tờ khai hải quan phải hủy, chiếm 1,27% tổng lượng tờ khai toàn Cục.

Một hành vi gian lận lặp lại nhiều lần khi doanh nghiệp làm thủ tục hải quan điện tử là khai sai mã số dẫn đến giảm số thuế phải nộp. Ví dụ như tại Chi cục Hải quan quản lý hàng đầu tư, Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh, chỉ sau 1 tháng thực hiện thủ tục hải quan điện tử đã phát hiện 17 trường hợp vi phạm. Sau khi được chuyển luồng, điều chỉnh mã số tính thuế, đã tăng thu cho ngân sách Nhà nước khoảng 2,3 tỷ đồng. Vi phạm phổ biến của doanh nghiệp là khai mã số thuế giống với hàng hóa chịu thuế nhập khẩu 0%, để tránh kiểm tra trực tiếp, giảm tiền thuế phải nộp. Nhưng khi phát hiện dấu hiệu gian lận về mã số thuế, lực lượng hải quan chuyển sang luồng Đỏ, kiểm tra thực tế hàng hóa thì lại phát hiện là mặt hàng chịu mức thuế cao hơn.

Đại diện Ban Quản lý rủi ro, Tổng cục Hải quan cho rằng, tỷ lệ phân luồng trong thủ tục hải quan điện tử trong thời gian vừa qua là phù hợp với tình hình thực tế. Để ngăn chặn những hành vi gian lận trong thực hiện hình thức thủ tục này, thì trước hết cần xây dựng cơ sở dữ liệu về doanh nghiệp, mặt hàng, địa bàn có nguy cơ rủi ro. Khi cơ sở dữ liệu này sát, đúng với thực tế, chúng ta sẽ sàng lọc được các đối tượng doanh nghiệp để phân luồng chính xác. Những đơn vị, mặt hàng, địa bàn có nguy cơ gian lận sẽ được kiểm soát chặt từ khâu phân luồng đến kiểm tra thực tế.

Ngoài ra, việc nâng cao năng lực của lực lượng hải quan ở các địa phương cũng cần được quan tâm. Bởi lẽ, các đơn vị ở địa phương có điều kiện nắm bắt được chính xác các thông tin liên quan đến hoạt động của doanh nghiệp. Lực lượng hải quan địa phương nếu tập trung thực hiện kiểm soát vào địa bàn, mặt hàng, doanh nghiệp trọng điểm thì sẽ giúp xây dựng, cập nhật cơ sở dữ liệu. Nhưng yêu cầu này cũng đòi hỏi phải thay đổi tổ chức nhân sự của cơ quan hải quan ở các tỉnh, thành phố. Vì có thể thấy, khi phương thức thực hiện thủ tục từ thủ công được chuyển sang thủ tục hải quan điện tử có nghĩa là vai trò của khâu trước và sau thông quan cần phải được nâng lên để đủ năng lực thu thập, phân tích thông tin, đánh giá việc tuân thủ của các doanh nghiệp. Song thực tế thì, nhân lực cho các khâu này ở nhiều đơn vị hiện còn mỏng và chưa tương xứng.