Khó khăn khác là vấn đề chống bán phá giá tôm kéo dài hơn 10 năm, gây khó khăn cho tình hình xuất khẩu rất lớn,  cho dù các doanh nghiệp đã đoàn kết để chóng chọi với quy định ngặt nghèo của Mỹ. Thuế chống bán phá giá năm 2014 xấp xỉ 9%. Một loại bệnh dịch khác là bao thực trùng rất khó tiêu diệt, khi có điều kiện là phát triển, nếu không có giải pháp tốt về tôm bố mẹ, sản xuất giống sẽ kéo theo nguy cơ cao.

Tôm bị EMS, người nuôi đối phó bằng cách lạm dụng sử dụng nhiều kháng sinh. Một số doanh nghiệp đưa ra quy trình nuôi tôm không kháng sinh nhưng không mang lại hiệu quả, có doanh nghiệp phải mất gần 200 tỉ đồng do nuôi tôm không có kháng sinh. Trong khi hàng rào kiểm soát ngày càng khắt khe, gây khó khăn cho người nuôi cũng như doanh nghiệp xuất khẩu.

Vấn đề kiểm soát doanh nghiệp phải tốn nhiều công sức và tiền của. Nhưng hiện tại, việc lạm dụng kháng sinh khá phổ biến nên việc rất khó khăn. Theo quy định, cơ quan chức năng kiểm định doanh nghiệp chế biến nếu phát hiện thì doanh nghiệp chịu trách nhiệm. Nhưng các doanh nghiệp lấy mẫu kiểm 3 ngày mới có kết quả. Điều này gây khó cho doanh nghiệp vì người nuôi mang tôm đến bán cho doanh nghiệp thì không thể nào chờ có kết quả kiểm nghiệm mới mua. Nhiều doanh nghiệp chế biến tôm xuất khẩu than phiền cho dù họ cố gắng kiểm soát gắt gao nhưng cũng có lúc không thể kiểm soát được dẫn đến nguy cơ cao.

Các doanh nghiệp xuất khẩu cho rằng Nghị định 36 ra đời cho ngành nghề là đúng nhưng vấn đề tham vấn chưa am hiểu hết về thị trường. Các ngành tham mưu cũng phải suy xét vấn đề này một cách nghiêm túc. Nhất là vấn đề chất lượng, chuỗi chất lượng (giống, thức ăn, nuôi, chế biến). Trong Nghị định lại bỏ qua vấn đề giống, thức ăn, nuôi. Giống thoái hóa, tỉ lệ giống chết cao, thời gian nuôi dài, thức ăn không kiểm soát nên không thể nào biết được chất lượng.

Về vấn đề sản phẩm không sử dụng phụ gia, ẩm độ trung bình 82,4%, nếu áp dụng 83% thì nhiều doanh nghiệp cho rằng người mua không thể trả với giá không phụ gia. Vấn đề này làm giảm sự cạnh tranh cá rô phi và nhiều loại cá khác.

Cá tra chưa xây dựng thương hiệu đủ mạnh để chấp nhận mua. Trong khi nâng giá quá cao sẽ làm mất thị trường cho cá khác. Vấn đề này theo nhận định từ giới chuyên môn có khả năng mất 40% thị trường.

Các doanh nghiệp kiến nghị Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn nên xem xét khía cạnh và mức độ thị trường để có mức quy định phù hợp cho thị trường chấp nhận. Quy định về chất lượng, về vi sinh, kháng sinh, hàm lượng ẩm là cảm quan đạt đến mức tốt theo mong muốn và với giá cả để thị trường chấp nhận.