Ngoài các quy trình nêu trên, trong Quyết định còn có Phụ lục Quy trình cấp phát, quản lý và theo dõi tài khoản truy nhập hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan và Phụ lục Quy định một số mẫu dấu, bảng biểu thực hiện thủ tục hải quan điện tử. Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/01/2013, thay thế Quyết định số 2396/QĐ-TCHQ ngày 09/12/2009 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan về việc ban hành quy trình thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện thủ tục hải quan điện tử, Quyết định số 2294/QĐ-TCHQ ngày 11/9/2010 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan về việc ban hành quy trình phúc tập hồ sơ hải quan thực hiện thủ tục hải quan điện tử và Quyết định số 2544/QĐ-TCHQ ngày 28/11/2011 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan về việc ban hành quy trình thủ tục hải quan điện tử đối với hàng hóa đưa vào, đưa ra doanh nghiệp chế xuất.