Việc lập hóa đơn riêng tạo thuận lợi trong việc phân loại, quản lý những hóa đơn của những hàng hóa, dịch vụ được giảm thuế nhưng lại làm tăng thời gian của kế toán doanh nghiệp (DN); làm tăng chi phí sử dụng hóa đơn, nhất là các DN sử dụng nhiều hóa đơn trong ngày. Trường hợp nếu DN thấy khó khăn khi tách hóa đơn riêng cho hàng hóa, dịch vụ được giảm thuế nên không lập hóa đơn riêng cho hàng hóa, dịch vụ được giảm thuế thì người tiêu dùng lại không được thụ hưởng lợi ích từ chính sách. Trước bất cập đó, hiện nay Bộ Tài chính đang đề xuất sửa đổi khoản 4 Điều 1 Nghị định số 15/2022/NĐ-CP.