Trong quá trình kiểm toán tài chính công, tài sản công tại các địa phương những năm gần đây, Kiểm toán Nhà nước (KTNN) đã quan tâm kiểm tra, đối chiếu việc chấp hành nghĩa vụ thuế đối với các doanh nghiệp (DN) nói chung và một số DN có vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài (FDI) nói riêng. Qua đó, KTNN đã phát hiện hành vi chuyển giá và trốn thuế của nhiều DN. Tuy nhiên, việc kiểm toán hành vi chuyển giá của các DN, đặc biệt là DN FDI vẫn còn nhiều khó khăn.