Khó khăn lớn nhất khi kiểm toán dự án ODA là sự khác biệt về cơ chế, chính sách
Những năm qua, KTNN đã thực hiện kiểm toán nhiều dự án đầu tư xây dựng công trình nhóm A trong lĩnh vực cơ sở hạ tầng giao thông vận tải (sân bay, cảng biển, đường cao tốc, cầu lớn...) được đầu tư bằng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA).