Hệ thống Tổng kế toán nhà nước sau một thời gian đưa vào vận hành đã trở thành một công cụ không thể thiếu của công chức Kho bạc Nhà nước làm nhiệm vụ tổng hợp báo cáo tài chính nhà nước. Hơn nữa, Hệ thống còn góp phần vào công cuộc cải cách quản lý tài chính công, hướng tới nền tài chính công khai, minh bạch, phù hợp thông lệ quốc tế.