Trường hợp doanh nghiệp khai bổ sung do khai sai về trị giá tính thuế dẫn đến số tiền thuế đã nộp lớn hơn số tiền thuế phải nộp thì được hoàn trả số tiền thuế nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.