Tự chủ đại học là điều kiện cho việc đổi mới công tác quản lý các cơ sở giáo dục đại học, đồng thời tạo lập một môi trường quản trị đại học mới. Tuy nhiên, hiện nay các cơ sở giáo dục đại học trực thuộc Bộ Tài chính chưa thực sự quan tâm và tỏ ra hình thức trong việc minh bạch hóa các thông tin về tài chính, quy trình, kết quả đào tạo, việc làm và kiểm định chất lượng giáo dục đại học.