Để thích nghi với nền kinh tế thị trường, hệ thống y tế dự phòng cả nước nói chung, tỉnh Bắc Kạn nói riêng đã tăng cường phát triển dịch vụ y tế theo hướng xã hội hoá y tế, thực hiện cơ chế tự chủ tài chính. Điều này đòi hỏi công tác quản lý tài chính đối với hệ thống y tế dự phòng phải vừa đảm bảo hiệu quả, vừa đảm bảo công bằng trong chăm sóc sức khỏe. Thực hiện đồng thời các mục tiêu trên là không dễ dàng đối với hệ thống y tế dự phòng tỉnh Bắc Kạn - một tỉnh vùng núi cao, có địa hình phức tạp, cơ sở vật chất và kinh tế địa phương chưa phát triển, mật độ dân cư còn thưa thớt, đại đa số trong đó là dân tộc thiểu số.