Bên cạnh đó, lịch trình chạy tàu có một số điều chỉnh. Cụ thể hằng ngày, tàu SE1 sẽ xuất phát tại Ga Hà Nội vào 22h20; tàu SE2 xuất phát tại Ga Sài Gòn vào 21h55; tàu SE3 xuất phát tại Ga Hà Nội lúc 19h30; tàu SE4 sẽ xuất phát tại Ga Sài Gòn lúc 19h45. Ngoài ra, một số đoàn tàu sẽ thay đổi lịch đón khách tại các ga dọc đường.
 
Công ty cũng áp dụng chính sách giảm giá vé với các đoàn khách mua vé tập thể trong thời gian đi tàu từ ngày 24/5 đến ngày 12/8. Đoàn khách từ 20 người đến 50 người, giá vé tính bằng 97% giá vé cùng thời điểm. Đoàn khách đi từ 51 người đến 100 người, giá vé tính bằng 95% giá vé cùng thời điểm. Đoàn khách đi từ 101 người trở lên, giá vé tính bằng 93% giá vé cùng thời điểm.
 
Với hướng dẫn viên du lịch đi theo các đoàn du lịch, giá vé bán bằng 30% giá vé loại chỗ ghế ngồi hoặc giường nằm khoang 6. Số lượng hướng dẫn viên được áp dụng chính sách giảm giá tùy theo lượng khách mỗi đoàn: Đoàn từ 20 đến 50 người, được giảm giá vé cho 1 hướng dẫn viên; đoàn khách từ 51 đến 100 người được giảm giá cho 2 hướng dẫn viên; đoàn khách từ 101 người giảm giá cho 3 hướng dẫn viên.