Bên cạnh những tác động tích cực nói trên, việc mở cửa theo các hiệp định của khu vực Đông Nam Á hay với các đối tác thương mại khác sẽ khiến một số sản phẩm, ngành hay lĩnh vực phải cạnh tranh với hàng nhập khẩu.  Điều này có thể khiến một số đơn vị không cạnh tranh được, phải rút lui. Nhưng cạnh tranh cũng là một cơ hội để thay đổi cơ cấu doanh nghiệp, và rộng hơn là cơ cấu của nền kinh tế, tăng sức hấp dẫn đầu tư vào nước ta. Mặt khác, nguyên, nhiên vật liệu, máy móc, thiết bị nhập khẩu từ các thị trường nói trên thường xuyên chiếm tỷ trọng lớn trên tổng kim ngạch nhập khẩu của ta nên nếu giảm được giá đầu vào (thông qua giảm thuế) thì về tổng thể, lâu dài, nền kinh tế vẫn sẽ được lợi.

Về đầu tư, các FTA ASEAN và ASEAN+, đặc biệt là các Hiệp định xây dựng AEC, còn tác động tích cực tới thu hút FDI vào khu vực ASEAN nói chung và Việt Nam nói riêng. Các nhà đầu tư nước ngoài, khi xem xét đầu tư vào nước ta đều coi AEC và các FTA mà ta đã ký là lợi thế lớn để mở rộng thị trường cho sản phẩm của mình. Một nghiên cứu gần đây đã chỉ ra rằng việc thực hiện đầy đủ AEC và các hiệp định FTA ASEAN+1 vào năm 2018 sẽ giúp tăng thu nhập quốc dân thêm 4,5 điểm phần trăm so với năm 2007, tạo việc làm, giúp tăng lương của lao động giản đơn hơn 7,6%, riêng lương của lao động lành nghề có thể tăng tới 9,6%.

Đã có những lo ngại về việc một số lĩnh vực sẽ khó khăn khi đến thời điểm hình thành Cộng đồng kinh tế ASEAN hay các hiệp định thương mại tự do có hiệu lực. Nhưng có thể thấy, từ năm 2008, hầu hết nông, thủy, hải sản chưa chế biến đã áp dụng thuế nhập khẩu 0% cho các mặt hàng nhập khẩu từ ASEAN và Trung Quốc theo chương trình Thu hoạch sớm. Đến nay nước ta vẫn liên tục xuất siêu sang Trung Quốc, các mặt hàng thuộc chương trình này và đa số nông sản của nước ta vẫn giữ được thế cạnh tranh trên thị trường nội địa. Nhập khẩu từ Trung Quốc về cơ bản chỉ là bổ sung cho những thời điểm sản xuất trong nước bị thiếu hụt. Mặt khác, trong thời gian gần đây, bản thân người tiêu dùng có xu hướng sử dụng sản phẩm nội địa, nhất là mặt hàng nông sản. Tất nhiên, nông sản trong nước sẽ giữ được thị phần như cơ quan chức năng tích cực thực hiện các biện pháp để bảo đảm an toàn vệ sinh thực phẩm, chất lượng hàng hóa đã được một số địa phương tiến hành thành công. Và hàng Việt Nam sẽ có chỗ đứng vững chắc nếu doanh nghiệp năng động hơn, nâng cao kỹ năng quản trị để đưa ra mặt hàng phù hợp với nhu cầu tiêu thụ trong nước.

Mốc thời gian hướng tới việc thiết lập AEC cũng như hoàn thành các Hiệp định FTA ASEAN+1 đang đến gần. Việc thực hiện các thỏa thuận này mở ra những cơ hội mới về thị trường tiêu thụ và cả cơ hội để cải tiến, nâng cao năng lực quản trị, năng lực kinh doanh cho doanh nghiệp Việt. Do đó có thể nói, hội nhập với kinh tế khu vực sẽ đem lại lợi ích lâu dài cho từng doanh nghiệp, cũng như cả nền kinh tế nước ta.