Tuy nhiên, ý thức chấp hành pháp luật về thuế của một bộ phận người nộp thuế còn hạn chế; hiện tượng thất thu thuế, nợ đọng thuế, chiếm dụng tiền thuế tại một số lĩnh vực, địa bàn vẫn còn; sự phối hợp của các ngành các cấp với cơ quan Thuế trong công tác quản lý thuế, trong việc tuyên truyền pháp luật thuế, tạo điều kiện thuận lợi cho người nộp thuế, xử lý các vi phạm pháp luật về thuế... theo quy định của Luật quản lý thuế có lúc, có nơi chưa thường xuyên, chặt chẽ, làm giảm hiệu quả của công tác quản lý thuế; một số địa phương chưa quan tâm quản lý, khai thác nguồn thu từ tài nguyên, đất đai; tình trạng chuyển giá làm giảm các nghĩa vụ với Ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật còn lớn; tình trạng đầu cơ, buôn lậu, gian lận thương mại, trốn thuế, lậu thuế vẫn còn xẩy ra dưới nhiều hình thức và ngày càng phức tạp,... Chính vì vậy, ngày 16 tháng 3 năm 2012 Bộ Trưởng Bộ Tài chính Vương Đình Huệ đã ký Chỉ thị số 01/CT-BTC v/v tăng cường công tác quản lý thu, chống thất thu và giảm nợ đọng thuế năm 2012 trong ngành thuế.

Theo Chỉ thị số 01/CT-BTC thì để thực hiện tốt công tác chống thất thu và giảm nợ đọng thuế năm 2012, trước hết ngành thuế cần thực hiện được các mục tiêu chủ yếu như:

1. Ngăn chặn và phòng chống các hành vi vi phạm pháp luật trong kinh doanh, tạo sức lan toả, nâng cao tính tuân thủ pháp luật thuế của người nộp thuế, của cán bộ thuế, cơ quan thuế, nâng cao hiệu lực hiệu quả đối với công tác thuế.

2. Tạo môi trường sản xuất kinh doanh bình đẳng cho người nộp thuế thuộc mọi thành phần kinh tế trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế với nhà nước, góp phần thúc đẩy đầu tư, phát triển sản xuất kinh doanh.

3. Đảm bảo các khoản thu ngân sách phải được thu đúng, thu đủ, thu kịp thời, góp phần hoàn thành nhiệm vụ chính trị thu ngân sách nhà nước năm 2012 (vượt 5-8% so với dự toán Quốc hội, Chính phủ giao), tạo nguồn lực để thực hiện các nhiệm vụ quan trọng của đất nước.

Với các mục tiêu đã đặt ra, Bộ trưởng cũng chỉ thị thủ trưởng cơ quan thuế các cấp thực hiện một số những giải pháp như:

- Về cơ chế, chính sách thuế: Khẩn trương thực hiện rà soát, xây dựng, sửa đổi, bổ sung các cơ chế chính sách về thuế đảm bảo hành lang pháp lý phục vụ tốt cho công tác thanh tra, kiểm tra chống thất thu, giảm nợ đọng thuế như: nghiên cứu ban hành Thông tư hướng dẫn về hoàn thuế GTGT; nghiên cứu sửa đổi Thông tư 93/2011/TT-BTC ngày 29/6/2011, Thông tư 94/2011/TT-BTC ngày 29/6/2011 và Thông tư 30/2005/TTLT-BTC-BTNMT ngày 18/4/2005 liên quan đến quy trình nghiệp vụ quản lý, trách nhiệm, cơ chế phối hợp giữa cơ quan thuế, cơ quan quản lý giá đất, cơ quan tài nguyên môi trường trong việc xác định giá đất, quản lý các khoản thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất,..; nghiên cứu kinh nghiệm quốc tế, xây dựng cơ chế xác định chính xác giá trị tài sản cố định và giá nguyên, nhiên vật liệu đầu vào, xây dựng danh mục một số hàng hoá dịch vụ chủ yếu trên cơ sở tham khảo giá hàng hoá cùng loại tại các nước trong khu vực và trên thế giới làm cơ sở chung sử dụng để tham chiếu khi xác định giá hàng hoá bán ra, hỗ trợ chống chuyển giá; phải thường xuyên, kịp thời rà soát, tổng hợp những vướng mắc, khó khăn trong quá trình quản lý thuế liên quan đến hoạt động thương mại biên giới để sửa đổi, bổ sung cho phù hợp.

- Về quy trình nghiệp vụ: Hoàn thiện, sửa đổi, bổ sung các quy trình nghiệp vụ quản lý thuế, đảm bảo đáp ứng yêu cầu thực tiễn, tạo điều kiện thuận lợi cho công tác quản lý thuế; xây dưng quy trình quản lý thuế đối với hộ kinh doanh cá thể, quy trình xây dựng cơ sở dữ liệu người nộp thuế để phục vụ cho công tác quản lý thuế theo rủi ro; xây dựng sổ tay nghiệp vụ thanh tra, kiểm tra, quản lý nợ thuế, cưỡng chế nợ thuế; Tổ chức nghiên cứu, xây dựng các chuyên đề quản lý thuế chuyên sâu như chuyên đề quản lý giá chuyển nhượng, chuyên đề quản lý thuế đối với kinh doanh dịch vụ du lịch, khách sạn,...

- Tổ chức, đánh giá tổng kết công tác chống thất thu, nợ đọng thuế để xác định thất thu thuế, nợ đọng thuế nằm ở khu vực nào, lĩnh vực kinh doanh nào, đối tượng nộp thuế nào để lập danh sách các doanh nghiệp cần thanh tra, kiểm tra, tập trung thu nợ thuế. Tập trung vào sáu lĩnh vực chủ yếu: kiểm tra, thanh tra chống chuyển giá; hoàn thuế, khấu trừ thuế GTGT; thu thuế với lĩnh vực bất động sản, thuế thuê và sử dụng đất; quản lý thu thuế đối với hàng hoá mậu biên theo Quyết định 139/2009/QĐ-TTg ngày 23/12/2009 của Thủ tướng Chính phủ ở các địa phương có biên giới đường bộ; chống thất thu đối với kinh doanh thương mại, dịch vụ du lịch. khai thác mỏ; chống thất thu thuế với loại hình kinh doanh mới phát sinh như thương mại điện tử, kinh doanh qua mạng,...

- Triển khai đồng bộ các biện pháp thu hồi nợ đọng thuế, đôn đốc, cưỡng chế nợ thuế theo đúng thủ tục, trình tự quy định của pháp luật đảm bảo tổng số tiền nợ thuế đến thời điểm 31/12/2012 không vượt quá 5% so với số thực hiện thu năm 2012; thực hiện thanh tra, kiểm tra thuế theo đúng kế hoạch đã được phê duyệt, đặc biệt tập trung công tác thanh tra đối với hoạt động chuyển giá của các doanh nghiệp; đẩy manh việc ứng dụng và phát triển kỹ thuật quản lý rủi ro trong công tác thanh tra, kiểm tra, phân loại người nợ thuế, các khoản nợ thuế,...; tổ chức xử lý miễn, giảm, hoàn thuế kịp thời, đuún quy định của pháp luật, tạo điều kiện thuận lợi cho người nộp thuế; Tiếp nhận và phản hồi đầy đủ, kịp thời các khiếu nại, kiến nghị của người nộp thuế đối với các kết luận thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế theo đúng quy định của pháp luật, đúng chức trách nhiệm vụ được giao.

- Để tăng cường công tác quản lý thu, chống thất thu và giảm nợ đọng thuế đạt hiệu quả thì cơ quan thuế phải đẩy mạnh công tác tuyên truyền và hỗ trợ cho người nộp thuế như tổ chức hội nghị đối thoại với người nộp thuế, phối hợp cung cấp thông tin với các cơ quan thông tin đại chúng trong việc tuyên tuyền, phổ biến chính sách thuế, tổng hợp đẩy đủ các thông tin liên quan đến công tác thuế trên các phương tiện thông tin đại chúng và coi đây là các ý kiến phản hồi khách quan về cơ chế, chính sách, quy trình quản lý thuế: đối với những vấn đề mà dư luận phản ánh đúng thì tiếp thu và giải quyết kịp thời; đối với những vấn đề phản ánh chưa đúng thì phải giải thích, tuyên truyền cho đúng đường lối chính sách pháp luật,...

- Phối hợp chặt chẽ với các Bộ, ban, ngành, chính quyền địa phương các cấp, các cơ quan thông tin đại chúng trong việc quản lý người nộp thuế, công tác chống trốn thuế, gian lận thuế, thanh tra đối với hoạt động chuyển giá, xử lý nợ đọng thuế như: phối hợp với Kho bạc nhà nước để tăng cường quản lý thuế nhà thầu đối với hoạt động xây dưng cơ bản, thực hiện thi công các công trình sử dụng nguồn vốn ngân sách nhà nước đa được bố trí trong dự toán chi ngân sách nhà nước; phối hợp với Ngân hàng nhà nước, ngân hàng thương mại trong việc quản lý thanh toán không dùng tiền mặt, đấu tranh đối với các hành vi vi phạm trong việc lập doanh nghiệp “ma”, mở tài khoản giao dịch chuyển tiền qua ngân hàng nhằm “hợp pháp hoá” các thủ tục để khấu trừ thuế; phối hợp với cơ quan quản lý đất đai, tài nguyên để quản lý thu đúng, thu đủ, thu kịp thời đối với khoản tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, các khoản thu phát sinh từ hoạt động khai thác khoáng sản.

Với những mục tiêu đặt ra thì việc thực hiện nghiêm túc, triệt để những nội dung trong Chỉ thị được xác định là nhiệm vụ trọng tâm xuyên suốt năm 2012 của cơ quan thuế các cấp; Việc đạt được các mục tiêu là căn cứ, cơ sở và điều kiện quan trọng để thực hiện thắng lợi nhiệm vụ công tác thuế năm 2012.