Đó là kết quả khi Chi cục Kiểm tra sau thông quan-Cục Hải quan Quảng Ninh tiến hành kiểm tra hồ sơ hải quan cùng các chứng từ, hồ sơ, tài liệu khác (gồm cả dữ liệu điện tử) có liên quan đến việc nhập khẩu, kê khai nộp thuế, tính thuế các lô hàng kinh doanh TN-TX xăng dầu (TX không hết chuyển tiêu thụ nội địa); kiểm tra việc kê khai nộp thuế, tính thuế đối với 53 tờ khai nhập kinh doanh xăng dầu đăng ký và làm thủ tục tại Chi cục hải quan cửa khẩu cảng Hòn Gai do Công ty xăng dầu B12 được Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam ủy quyền làm thủ tục hải quan.

Qua quá trình kiểm tra việc kê khai nộp thuế, tính thuế đối với mặt hàng xăng dầu kinh doanh TN-TX nhưng không TX hết chuyển tiêu thụ nội địa, Tập đoàn này đã kê khai nộp thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt với Chi cục hải quan cửa khẩu cảng Hòn Gai và nộp thuế vào NSNN theo quy định. Tuy nhiên, đối với khoản thuế giá trị gia tăng hàng TN-TX không hết chuyển tiêu thụ nội địa thuộc các tờ khai thanh khoản trước ngày 1-1-2009, khi căn cứ tại Khoản 3 Mục III Phần C Thông tư 120/2003/TT-BTC ngày 12-12-2003 và Điểm 3.3 Khoản 3 Mục. III phần C Thông tư 32/2007/TT-BTC ngày  9-4-2007, thì hàng hoá kinh doanh TN-TX nhưng không TX chuyển tiêu thụ nội địa phải kê khai nộp thuế với cơ quan thuế quản lý cơ sở. Tại thời điểm thanh khoản, Chi cục hải quan cửa khẩu cảng Hòn Gai đã có công văn thông báo cho cơ quan thuế thu thuế giá trị gia tăng đối với các lô hàng kinh doanh TN-TX chuyển tiêu thụ nội địa.

Thực hiện kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước, chỉ đạo của Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan, Cục Hải quan Quảng Ninh đã có công văn gửi Cục Thuế TP. Hà Nội đề nghị thu số tiền thuế giá trị gia tăng đối với các lô hàng xăng dầu kinh doanh TN-TX, chuyển tiêu thụ nội địa từ năm 2004-2008 của Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam với tổng số tiền phải truy thu là: 28.651.289.000 đồng.

Qua kiểm tra thời hạn nộp thuế đối với mặt hàng xăng dầu TN-TX chuyển tiêu thụ nội địa, Chi cục nhận thấy có 117 tờ khai tạm nhập nhưng TX không hết chuyển tiêu thụ nội địa được đăng ký tại thời điểm Thông tư 59/2007/TT-BTC có hiệu lực, thanh khoản vào thời điểm Thông tư 70/2009/TT-BTC có hiệu lực (từ ngày 22-05-2009), Tập đoàn này đã kê khai thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế giá trị gia tăng và thực hiện nộp thuế đầy đủ.

Thời hạn nộp thuế được Chi cục hải quan cửa khẩu cảng Hòn Gai căn cứ theo qui định tại Thông tư 70/2009/TT-BTC (thời hạn nộp thuế là 15 ngày kể từ khi hết thời hạn TN-TX). Tuy nhiên tại Điểm 2.2.2 Mục III Phần C Thông tư 59/2007/TT-BTC qui định thời gian ân hạn thuế 30 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai. Do có sự khác nhau trong việc áp dụng thời hạn nộp thuế (giữa Thông tư 59/2007/TT-BTC  và Thông tư 70/2009/TT-BTC) nên nếu áp dụng thời hạn nộp thuế theo qui định tại Thông tư 59/2007/TT-BTC sẽ phát sinh  số tiền phạt chậm nộp thuế của 117 tờ khai nêu trên là 828.492.000 đồng.

Không những thế, việc kê khai nộp thuế, tính thuế đối với 53 tờ khai nhập kinh doanh xăng dầu, đăng ký từ 1-1-2007 đến 15-9-2011, khi áp dụng tỉ giá tính thuế qui định tại Khoản 3 Điều 9 Luật thuế XK, nhập khẩu năm 2005, Bộ Tài chính có hướng dẫn về vấn đề này tại công văn số 11101/BTC-TCHQ ngày 23-8-2010, theo đó tỉ giá tính thuế là tỉ giá bình quân trên thị trường ngoại tệ liên ngân hàng do Ngân hàng Nhà nước công bố tại thời điểm tính thuế (ngày đăng ký tờ khai). Tuy nhiên qua kết quả rà soát có 48 tờ khai, doanh nghiệp kê khai tính thuế thấp hơn tỉ giá do Ngân hàng Nhà nước công bố tại thời điểm tính thuế (ngày đăng ký tờ khai). Số tiền thuế nhập khẩu, Tiêu thụ đặc biệt, giá trị gia tăng còn thiếu do việc tính thuế chênh lệch tỉ giá là 3.350.670.000 đồng.

Từ các kết quả kiểm tra trên, bà Phùng Thị Nguyên Hạnh, Phó Chi cục trưởng Chi cục Kiểm tra sau thông quan cho biết, trên cơ sở kết quả kiểm tra và ý kiến của Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam, Cục Hải quan Quảng Ninh đã báo cáo Tổng cục Hải quan chỉ đạo việc thực hiện truy thu khoản thuế giá trị gia tăng của mặt hàng xăng dầu TN nhưng TX không hết (thuộc các tờ khai đăng ký trước ngày 1-1-2009) nêu trên; không xử phạt chậm nộp thuế vì việc chậm nộp là do chưa được cơ quan quản lý hướng dẫn hoặc hướng dẫn không thống nhất về việc nộp thuế.

Đối với việc áp dụng thời hạn nộp thuế cho các tờ khai TN nhưng TX không hết chuyển tiêu thụ nội địa, cơ quan Hải quan nơi làm thủ tục thanh khoản thực hiện và thông báo cho Tập đoàn thực hiện. Tại thời điểm thực hiện thanh khoản các tờ khai nêu trên được áp dụng theo Thông tư 70/2009/TT-BTC sẽ không phát sinh khoản tiền phạt chậm nộp. Cục Hải quan Quảng Ninh đã báo cáo Tổng cục Hải quan xem xét áp dụng thời hạn nộp thuế theo qui định tại Thông tư 70/2009/TT-BTC cho 117 bộ tờ khai nêu trên.

Cũng theo bà Hạnh, việc kê khai và nộp thiếu số tiền thuế nêu trên có nguyên nhân do sự quy định chưa thống nhất của các văn bản quy phạm pháp luật (thông tư và nghị định, luật). Cục Hải quan Quảng Ninh đã ra quyết định ấn định, truy thu số tiền thuế còn thiếu do việc áp dụng tỉ giá trong việc kê khai trị giá tính thuế; đồng thời, yêu cầu Chi cục hải quan cửa khẩu cảng Hòn Gai kiểm tra, rà soát xem xét xử lý đối với 50 bộ tờ khai Tập đoàn đã khai báo tỉ giá tính thuế cao hơn tỉ giá do Ngân hàng Nhà nước công bố vào thời điểm đăng ký tờ khai theo quy định của pháp luật.