Cụ thể, về việc xác định khối lượng xăng dầu chứa trên phương tiện chuyên dụng tự hành tạm nhập tái xuất, khoản 15, Điều 3, Thông tư 139 quy định xác định khối lượng xăng dầu chuyên dụng để tính thuế căn cứ vào bản khai chung khi phương tiện chuyên dụng làm thủ tục nhập cảnh, xuất cảnh.

Trong trường hợp tàu nhập cảnh đến cảng dầu khí ngoài khơi vào ngày 01/11/2013 nhưng đến ngày 10/11/2013 mới làm thủ tục tạm nhập cho tàu và làm thủ tục NK nhiên liệu trên tàu, vậy để xác định số lượng xăng dầu vào thời điểm ngày tàu nhập cảnh khai trên bản khai chung (do đại lí hoặc thuyền trưởng kê khai) và số lượng xăng dầu ngày thực tế làm thủ tục tạm nhập là hoàn toàn khác nhau, không có cơ sở để đối chiếu.

Ngoài ra, mặt hàng dầu chứa trên phương tiện vận chuyển là lượng dầu dùng cho hoạt động của tàu. Vì vậy, lượng hàng này sẽ không ổn định. Như vậy, trong trường hợp phải kiểm tra thực tế hàng hóa khi cơ quan Hải quan tiến hành kiểm tra, lượng xăng dầu trên sẽ không thể bằng được với lượng xăng dầu khai báo trên bản khai chung khi phương tiện xuất cảnh, nhập cảnh…

Để tránh việc DN lợi dụng sử dụng xăng dầu từ nước ngoài để hoạt động nội địa tại các cảng dầu khí ngoài khơi, Cục Hải quan BR-VT đề xuất, các DN phải đưa tàu vào khu vực kiểm tra hải quan (tại các cảng, các bến neo đậu do Cảng vụ Hàng hải Vũng Tàu quy định), để làm thủ tục hải quan và giám sát hải quan.

Trong trường hợp tàu không thể vào khu vực giám sát hải quan hoặc nếu Cảng vụ Hàng hải Vũng Tàu không cho phép vào các khu vực cảng, khu neo đậu thì việc làm thủ tục tạm nhập cho tàu và NK nhiên liệu trên tàu phải là ngày làm thủ tục nhập cảnh cho tàu và khối lượng xăng dầu để tính thuế được xác định theo bản khai chung khi phương tiện chuyên dụng xuất cảnh, nhập cảnh.

Cũng theo khoản 15, điều 3, Thông tư 139, đối với việc kiểm tra thực tế đối với xăng dầu chứa trong các phương tiện chuyên dụng tự hành thì xăng dầu chứa trong phương tiện tự hành tạm nhập, tái xuất phải làm thủ tục XNK theo chế độ phi mậu dịch. Khối lượng xăng dầu để tính thuế được xác định theo bản khai chung khi phương tiện chuyên dụng xuất cảnh, nhập cảnh.

Việc tính định mức xăng dầu để so sánh  giữa khối lượng hàng tại thời điểm kiểm tra thực tế và khối lượng hàng tại thời điểm xuất cảnh nhập cảnh chỉ có thể dựa trên khai báo của thuyền trưởng.  Xuất phát từ thực tế trên, để áp dụng thống nhất, Cục Hải quan BR-VT đề nghị Tổng cục Hải quan hướng dẫn theo hướng, xăng dầu chứa trong phương tiện tự hành tạm nhập, tái xuất phải làm thủ tục XNK theo chế độ phi mậu dịch và được miễn kiểm tra thực tế hàng hóa, khối lượng xăng dầu để tính thuế được xác định theo bản khai chung khi phương tiện chuyên dụng xuất cảnh, nhập cảnh.

Theo Cục Hải quan BR-VT, mặc dù Thông tư 139 đã quy định rất cụ thể cách thức lập biên bản bàn giao, các nội dung cần ghi trên biên bản bàn giao, cách thức giám sát hàng hóa, tuy nhiên, quy định về trách nhiệm của Chi cục Hải quan cửa khẩu xuất lại rất chung chung (cụ thể, tiếp nhận biên bản bàn giao và hồ sơ hải quan (bản fax) do Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục xuất khẩu, tái xuất chuyển đến).

Do vậy, đơn vị đề nghị Tổng cục Hải quan hướng dẫn cụ thể việc thực hiện tiếp nhận, các nội dung kiểm tra đối chiếu và cách thức vào sổ, trường hợp phát hiện niêm phong không còn nguyên vẹn thì thực hiện phối hợp hay thông báo cho Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục tái xuất như thế nào. Mặt khác, theo quy định tại điều 12, 13 Thông tư 139, về trách nhiệm của Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục XK, tái xuất xăng dầu, việc xác định tàu đã thực xuất cảnh đối với cửa khẩu đường biển là rất khó do không xác định được tàu qua vị trí nào, cột mốc nào tại khu vực cảng biển.

Theo Cục Hải quan BR-VT, cần sửa đổi hoặc có giải thích từ ngữ tàu thực xuất cảnh thành tàu đã hoàn thành thủ tục xuất cảnh tại cơ quan Hải quan đó là cơ sở để xác nhận và hồi báo đã xuất cảnh…

Ngoài ra Cục Hải quan BR-VT cũng đề nghị, cần có quy định giải thích từ ngữ đối với “chạy chặng nội địa và chạy chặng quốc tế” tại điểm 2, điều 11 và giải thích cụ thể các quy định tại điểm a, khoản 12, Điều 3 Thông tư 139…