Ngày 27 tháng 6 năm 2013, Bộ Tài chính có Thông tư số 86/2013/TT-BTC quy định cụ thể áp dụng chế độ ưu tiên trong quản lý nhà nước về hải quan đối với DN đủ điều kiện.

Chế độ ưu tiên mà DN được hưởng

Ưu tiên trong giai đoạn thông quan:

Miễn kiểm tra hồ sơ hải quan, miễn kiểm tra thực tế hàng hóa (trừ trường hợp có dấu hiệu vi phạm rõ ràng).

Được sử dụng bộ chứng từ bao gồm hóa đơn thương mại, giấy đóng gói hàng hóa, lệnh giao hàng và bản tự kê khai thuế đóng dấu, ký tên của đại diện DN để thông quan hàng hóa trong trường hợp hệ thống dữ liệu của cơ quan hải quan gặp sự cố hoặc tạm dừng hoạt động.

Không phải đăng ký với cơ quan hải quan định mức tiêu hao nguyên vật liệu, không phải nộp báo cáo thanh khoản với cơ quan hải quan với điều kiện DN có phần mềm quản lý hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu đáp ứng được yêu cầu quản lý, kiểm tra của cơ quan hải quan.

Ưu tiên trong giai đoạn sau thông quan: Trong thời gian DN được áp dụng chế độ ưu tiên, cơ quan hải quan không kiểm tra sau thông quan tại trụ sở DN (trừ trường hợp có dấu hiệu vi phạm rõ ràng).

Khai hải quan một lần dưới 2 hình thức

Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu qua biên giới, qua của khẩu thì thực hiện khai hải quan trước, xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa sau;

Đối với hàng hóa nhập khẩu tại chỗ; nguyên liệu linh kiện phụ tùng phục vụ sản xuất của DN mua từ kho ngoại quan được thực hiện nhập khẩu hàng hóa trước (có sự giám sát của cơ quan hải quan, giám sát bằng biên bản giao nhận hàng hoá giữa DN và chủ kho ngoại quan), khai hải quan sau.

Ưu tiên các thủ tục về thuế

Được ưu tiên áp dụng chế độ tự thanh khoản, hoàn thuế trước, kiểm tra sau.

Không phải nộp tiền chậm nộp, không bị xử lý vi phạm hành chính về hải quan, về thuế đối với các trường hợp bị ấn định thuế do mã số hàng hóa đã được cơ quan hải quan thống nhất, thẩm định trước đó không đúng và DN vẫn được coi là tuân thủ pháp luật.

DN ưu tiên gồm ba loại

- DN được ưu tiên trong xuất khẩu, nhập khẩu tất cả các mặt hàng, loại hình xuất khẩu, nhập khẩu.

- DN được ưu tiên trong xuất khẩu hàng hóa là nông sản, thủy sản, dệt may, da giày và nhập khẩu hàng hóa là nguyên phụ liệu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu nêu trên.

- DN được Bộ Khoa học và Công nghệ cấp giấy chứng nhận là DN công nghệ cao theo quy định của Luật Công nghệ cao được ưu tiên trong nhập khẩu hàng hóa phục vụ sản xuất; xuất khẩu sản phẩm công nghệ cao.

Khi được công nhận là DN ưu tiên thì tất cả hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của DN nói trên được hưởng chế độ ưu tiên tương ứng quy định tại Chương 4 Thông tư này (trừ hàng hóa do DN xuất khẩu, nhập khẩu ủy thác cho các DN khác).

DN được xét chế độ ưu tiên theo quy định tại Thông tư này phải đáp ứng đầy đủ 7 điều kiện về tuân thủ pháp luật, về thanh toán,  kế toán, tài chính, kim ngạch (kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu tối thiểu đạt 50 triệu USD/năm, 200 triệu USD/năm), thực hiện thủ tục hải quan, thủ tục thuế điện tử (tại thời điểm cơ quan hải quan xem xét đánh giá, thẩm định, DN đã thực hiện thủ tục hải quan điện tử với cơ quan hải quan, thủ tục thuế điện tử với cơ quan thuế), điều kiện về độ tin cậy (cơ quan hải quan xác định độ tin cậy về sự tuân thủ pháp luật trong tương lai của DN căn cứ vào các tiêu chí về bộ máy kiểm soát nội bộ của DN, cơ chế kiểm soát tài chính, việc hợp tác của DN với cơ quan hải quan, cơ quan quản lý thuế (theo bộ tiêu chí đánh giá của Tổng cục Hải quan) và  tự nguyện đề nghị được công nhận là DN ưu tiên.

Hồ sơ đề nghị công nhận DN ưu tiên gồm 8 loại giấy tờ: i) Văn bản đề nghị; ii) Báo cáo tình hình, thống kê số liệu xuất khẩu, nhập khẩu của DN trong 02 năm gần nhất; iii) Báo cáo chấp hành pháp luật 02 năm gần nhất; iv) Báo cáo tài chính đã được kiểm toán 02 năm gần nhất; v) Bản kết luận kiểm toán và thanh tra (nếu có) gần nhất (không quá 01 năm); vi) Bản tự phân tích, đánh giá hoạt động kinh doanh, tình hình tài chính của DN; viii) Bản tự đánh giá về hệ thống kiểm soát nội bộ của DN; quy trình tác nghiệp nội bộ; viii) các giấy tờ khác mà DN thấy cần thiết cung cấp cho cơ quan hải quan, hỗ trợ cơ quan hải quan trong quá trình thẩm định (như các giấy chứng nhận khen thưởng, chứng nhận quốc tế và quốc gia, các tiêu chuẩn quản lý áp dụng).

Tổng cục Hải quan (Cục Kiểm tra sau thông quan) là đơn vị tiếp nhận hồ sơ đề nghị công nhận DN ưu tiên. Thời gian xem xét công nhận DN ưu tiên không quá 45 (bốn mươi lăm) ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ đầy đủ. Đối với các trường hợp phức tạp, DN lớn thì có thể gia hạn một lần nhưng không quá 30 (ba mươi) ngày làm việc. Trường hợp DN được đánh giá là không đáp ứng điều kiện DN ưu tiên thì Tổng cục Hải quan có văn bản thông báo cho DN biết.

Thời hạn DN được hưởng chế độ ưu tiên lần đầu là 24 (hai mươi bốn) tháng kể từ ngày Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ký Quyết định áp dụng chế độ ưu tiên đối với DN. Sau thời hạn này, Tổng cục Hải quan thực hiện đánh giá lại, nếu DN vẫn đáp ứng các điều kiện quy định thì được gia hạn áp dụng chế độ ưu tiên. Trước 60 (sáu mươi) ngày tính đến ngày hết hiệu lực của Quyết định công nhận DN ưu tiên, Tổng cục Hải quan thông báo để DN có đơn đề nghị gia hạn chế độ ưu tiên.

Nếu kết quả đánh giá lại DN vẫn đáp ứng điều kiện quy định thì Tổng cục Hải quan căn cứ vào mức độ tuân thủ pháp luật của DN, ban hành quyết định gia hạn áp dụng chế độ ưu tiên đối với DN trong thời hạn từ 36 (ba mươi sáu) đến 60 (sáu mươi) tháng tiếp theo theo mẫu 05/DNUT ban hành kèm theo Thông tư này).

DN có thể bị tạm đình chỉ (từ sáu mươi đến một trăm tám mươi ngày)  chế độ ưu tiên nếu có vi phạm quy định chi tiết của điều kiện về tuân thủ pháp luật hoặc không đáp ứng quy định về độ tin cậy. Trường hợp DN không còn đáp ứng các điều kiện về DN ưu tiên; không khắc phục được các sai sót, vi phạm đã được cơ quan hải quan thông báo; hết thời hạn tạm đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên mà DN không khắc phục được sai sót, khiếm khuyết; DN xin rút khỏi chế độ ưu tiên; hoặc hết thời hạn công nhận mà DN không đề nghị công nhận DN ưu tiên sẽ bị Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan xem xét ra quyết định đình chỉ chế độ ưu tiên. Trường hợp DN đã bị đình chỉ chế độ ưu tiên thì trong 02 (hai) năm tiếp theo không được Tổng cục Hải quan tiếp nhận hồ sơ đề nghị xét công nhận DN ưu tiên.

Trách nhiệm của DN ưu tiên

Được hưởng chế độ ưu tiên trong quản lý nhà nước về hải quan, DN phải tuân thủ tốt pháp luật; thành lập một bộ phận hoặc chỉ định người chuyên trách về thực hiện chế độ ưu tiên; xây dựng và thực hiện chế độ thường xuyên tự kiểm tra và báo cáo kết quả hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu với Tổng cục Hải quan; Xây dựng, thông báo bằng văn bản cho cơ quan hải quan thông tin về bộ phận hoặc người đảm nhiệm vai trò đầu mối liên lạc chuyên trách của DN; chịu trách nhiệm thực hiện chế độ trao đổi thông tin thường xuyên với cơ quan hải quan. Sẵn sàng phối hợp, làm rõ các nghi vấn theo yêu cầu của cơ quan hải quan hoặc công chức hải quan chuyên trách quản lý DN; thường xuyên thực hiện việc tự kiểm tra, phát hiện, khắc phục sai sót; hợp tác tốt với cơ quan hải quan khi cơ quan hải quan kiểm tra.

Trong trường hợp cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra tại trụ sở DN hoặc DN đề nghị cơ quan hải quan đến làm việc về những vấn đề chưa rõ, DN có trách nhiệm tạo điều kiện thuận lợi, hợp tác đầy đủ với đoàn kiểm tra; những vấn đề có ý kiến khác nhau thì cùng tìm phương án giải quyết phù hợp quy định của pháp luật.

Trước khi thực hiện chế độ ưu tiên theo quy định tại Thông tư này, DN ưu tiên có trách nhiệm thông báo cho Tổng cục Hải quan, Chi cục hải quan nơi làm thủ tục cho hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của DN về đại lý làm thủ tục hải quan cho hàng hóa xuất nhập khẩu của DN và cam kết về sự tuân thủ pháp luật của đại lý. Trường hợp thay đổi đại lý làm thủ tục hải quan thì cần phải thông báo cho cơ quan hải quan nói trên biết. DN ưu tiên phải thường xuyên kiểm tra việc tuân thủ pháp luật của đại lý làm thủ tục hải quan để phát hiện sai sót (nếu có) và thông báo ngay cho cơ quan hải quan.

DN ưu tiên nếu vi phạm pháp luật thì tùy theo tính chất, mức độ vi phạm mà bị xử lý theo quy định của pháp luật.

Thông tư này thay thế Thông tư 63/2011/TT-BTC ngày 13/05/2011 và Thông tư 105/2011/TT-BTC ngày 12/07/2011 của Bộ Tài chính, có hiệu lực thi hành sau 45 (bốn mươi lăm) ngày, kể từ ngày ký.

Những DN ưu tiên đang được áp dụng theo Thông tư 63/2011/TT-BTC ngày 13/05/2011 và Thông tư 105/2011/TT-BTC ngày 12/07/2011 của Bộ Tài chính được tiếp tục áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định tại Thông tư này. Việc đánh giá lại, gia hạn đối với những DN này thực hiện theo quy định tại Điều 15 Thông tư này. Trường hợp DN ưu tiên có yêu cầu chuyển đổi loại DN ưu tiên theo quy định tại Điều 2 Thông tư, Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan xem xét quyết định, thủ tục thẩm định quy định tại Thông tư này.