Nội dung kiến nghị cụ thể như sau: Việc tính tiền thuê đất của nhà đầu tư được Nhà nước cho thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm để đầu tư xây dựng, kinh doanh kết cấu hạ tầng theo hình thức trả tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê còn chưa thống nhất cách tính. Thời điểm tính tiền thuê đất, áp dụng quy địnhcònchưa rõ cách tính tiền thuê đất trả tiền hàng năm và trả tiền một lần. Đề nghị Bộ Tài chính có hướng dẫn cụ thể để địa phương thực hiện.

Theo quy định của Luật Đất đai năm 2003, Nghị định số 142/2004/NĐ-CP ngày 14/11/2005 của Chính phủ về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước; trường hợp DN kinh doanh kết cấu hạ tầng khu công nghiệp (KCN) lựa chọn hình thức thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm thì đơn giá thuê đất được ổn định 05 năm, hết thời gian ổn định thì thực hiện điều chỉnh theo chính sách và giá đất tại thời điểm điều chỉnh; đồng thời, về nguyên tắc, nếu lựa chọn hình thức thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm thì khi cho thuê lại đất, DN thứ cấp chỉ được quyền của người thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm như đối với nhà đầu tư kinh doanh hạ tầng KCN.

Trường hợp DN có nhu cầu cho thuê lại đất theo hình thức trả tiền một lần cho cả thời gian thuê để nhà đầu tư thứ cấp được cấp Giấy chứng nhận và có quyền như trường hợp được nhà nước cho thuê đất trả tiền một lần cho cả thời gian thuê thì DN kinh doanh kết cấu hạ tầng KCN phải chuyển sang thuê đất theo hình thức thuê đất trả tiền một lần cho cả thời gian thuê.

Do đó, trường hợp DN kinh doanh kết cấu hạ tầng KCN được Nhà nước cho thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm trước ngày 01/7/2014 nhưng đã cho nhà đầu tư thứ cấp thuê lại đất theo hình thức thuê đất trả tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê là không phù hợp với quy định của Luật Đất đai năm 2003. Để xử lý những sai phạm khi thực hiện Luật Đất đai năm 2003 đối với trường hợp nêu trên và đảm bảo quyền lợi cho nhà đầu tư thứ cấp được hưởng đầy đủ các quyền về đất đai khi đã nộp tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê; tại khoản 2 Điều 210 Luật Đất đai năm 2013 (có hiệu lực từ ngày 01/7/2014) đã quy định như sau: “2. Trường hợp nhà đầu tư được Nhà nước cho thuê đất thu tiền thuê đất hàng năm để đầu tư xây dựng, kinh doanh kết cấu hạ tầng khu công nghiệp, cụm công nghiệp, khu chế xuất mà đã cho thuê lại đất có kết cấu hạ tầng theo hình thức trả tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê trước ngày Luật này có hiệu lực thi hành thì phải nộp tiền cho Nhà nước theo quy định của Chính phủ; người thuê lại đất có quyền và nghĩa vụ như được Nhà nước cho thuê đất trả tiền một lần cho cả thời gian thuê sau khi chủ đầu tư đã nộp đủ tiền thuê đất vào ngân sách nhà nước”.

Thực hiện quy định nêu trên, về nguyên tắc, các DN phải làm thủ tục để chuyển sang thuê đất trả tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê (thời gian đã cho thuê lại đất) tương ứng với diện tích đất đã cho thuê lại. Khi đó, số tiền mà DN kinh doanh kết cấu hạ tầng KCN phải nộp NSNN được xác định bằng với số tiền thuê đất nộp một lần cho cả thời gian thuê xác định theo chính sách và giá đất tại thời điểm cho thuê lại đất cộng thêm một khoản tương đương với mức thu tiền chậm nộp theo pháp luật về quản lý thuế.

Tuy nhiên, do DN kinh doanh hạ tầng KCN đã thu trước tiền thuê đất một lần của Nhà đầu tư thứ cấp đã tự sử dụng số tiền này để xây dựng hạ tầng hoặc sử dụng vào đầu tư dự án khác và hầu hết Hợp đồng cho thuê lại đất đã cố định giá cho thuê, do đó DN kinh doanh kết cấu hạ tầng KCN khó có thể điều chỉnh đơn giá cho thuê lại đất với nhà đầu tư thứ cấp dẫn đến gặp khó khăn trong thực hiện nghĩa vụ tài chính khi Nhà nước điều chỉnh lại đơn giá thuê đất theo quy định và yêu cầu DN phải nộp tiền vào NSNN theo khoản 2 Điều 210 Luật Đất đai năm 2013 hoặc chuyển sang thuê đất trả tiền một lần cho cả thời gian thuê để có quyền cho thuê lại đất theo hình thức thu tiền một lần của nhà đầu tư thứ cấp.

Triển khai thực hiện khoản 2 Điều 210 Luật Đất đai năm 2013, Bộ Tài chính đã trình Chính phủ xử lý tại Nghị định số 46/2014/NĐ-CP đối với trường hợp được Nhà nước cho thuê đất trước ngày 01/01/2006 mà một trong ba loại giấy tờ: Giấy chứng nhận đầu tư (Giấy phép đầu tư), Quyết định cho thuê đất, Hợp đồng thuê đất có ghi nguyên tắc điều chỉnh đơn giá thuê đất (tăng không quá 15%) hoặc khithực hiện cấp đổi các loại giấy tờ này do quy định về thủ tục hành chính mà tại các giấy tờ được cấp đổi không còn nội dung ghi nguyên tắc điều chỉnh đơn giá thuê đất nhưng đã cho thuê lại đất theo hình thức trả tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê trước ngày 01/01/2006vàchưa thực hiện điều chỉnh lại đơn giá thuê đất theo quy định tại Khoản 2 Điều 9 Nghị định số 142/2005/NĐ-CP.

Theo đó, số tiền thuê đất phải nộp cho Nhà nước một lần được xác định trên cơ sở thời gian, diện tích đất đã cho thuê lại, đơn giá thuê đất hàng năm do cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác định tại thời điểm cho thuê lại đất (theo nguyên tắc sau mỗi chu kỳ ổn định 5 năm thì tăng 15% so với chu kỳ trước đó) và được trừ số tiền thuê đất hàng năm đã nộp cho Nhà nước xác định theo nguyên tắc nêu trên đối với phần diện tích này tính từ thời điểm cho thuê lại đất (nếu có).

Đối với trường hợp DN kinh doanh kết cấu hạ tầng khu công nghiệp được Nhà nước cho thuê đất từ ngày 01/01/2006 đến trước ngày 01/7/2014; thực hiện chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Công văn số 1322/TTg-KTN ngày 28/7/2014 và Công văn số 1677/VPCP-KTN ngày 11/3/2015 của Văn phòng Chính phủ; Bộ Tài chính đã có Công văn số 7184/BTC-QLCS ngày 01/6/2015, Công văn số 9506/BTC-QLCS ngày 14/7/2015 báo cáo Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ về việc xử lý vướng mắc liên quan đến tiền thuê đất, trong đó có nội dung liên quan đến xác định tiền thuê đất theo quy định tại khoản 2 Điều 210 Luật Đất đai năm 2013.

Do đó, việc xử lý thu tiền thuê đất nộp một lần đối với các DN kinh doanh kết cấu hạ tầng KCN được nhà nước cho thuê đất trả tiền hàng năm nhưng đã cho thuê lại đất theo hình thức thuê đất thu tiền một lần cho cả thời gian thuê đối với nhà đầu tư thứ cấp trong giai đoạn từ ngày 01/01/2006 đến trước ngày 01/7/2014 được thực hiện theo hướng dẫn chung của Bộ Tài chính sau khi có ý kiến chỉ đạo của Chính phủ về vấn đề này.