Tại cuộc họp, mô hình quy trình hoạt động của Cơ chế Hải quan một cửa quốc gia tại cảng biển được đại diện Ban Cải cách hiện đại hóa đưa ra là: Cổng thông tin một cửa quốc gia sẽ là nơi tiếp nhận thông tin từ hãng vận tải, đại lý hãng tàu, công ty logistics và các doanh nghiệp liên quan, chuyển các thông tin, chứng từ đến các cơ quan có liên quan tại cảng biển, nhận kết quả xử lý do các cơ quan trả về và gửi kết quả cuối cùng cho người khai.

Mô hình đưa ra 6 bước xử lý, trong đó bước 3 trong quy trình liên quan đến các cơ quan nhà nước tại cảng biển: Hải quan cửa khẩu, Biên phòng cửa khẩu, cơ quan Kiểm dịch y tế quốc tế, cơ quan Kiểm dịch thực vật, cơ quan Kiểm dịch động vật. Do đó, Ban Cải cách hiện đại hóa đưa ra hai phương án trao đổi dữ liệu trong hệ thống một cửa, ở giai đoạn thí điểm.

Phương án 1, Cổng thông tin một cửa quốc gia tiếp nhận thông tin từ người khai, chuyển tiếp toàn bộ thông tin đó đến các hệ thống xử lý chuyên ngành của Bộ Giao thông vận tải, hệ thống chuyên ngành của Bộ Giao thông vận tải sẽ chuyển thông tin đến hệ thống cơ quan Hải quan, Kiểm dịch, Biên phòng.

Kết quả xử lý của các cơ quan này được chuyển đến cảng vụ hàng hải. Cảng vụ hàng hải thực hiện các nghiệp vụ theo quy định, ban hành lệnh điều động (tàu nhập cảnh), giấy phép rời cảng (tàu xuất cảnh) hoặc Giấy phép quá cảnh (tàu quá cảnh) nếu thông tin hợp lệ, gửi trả kết quả về Cổng thông tin một cửa quốc gia. Trường hợp từ chối, cảng vụ hàng hải nêu rõ lý do, biện pháp xử lý và gửi về Cổng thông tin một cửa quốc gia. Cổng thông tin một cửa quốc gia thông báo đến người khai về kết quả thông quan tàu, thuyền ngay sau khi nhận được thông tin từ hệ thống xử lý chuyên ngành của Bộ Giao thông vận tải.

Phương án 2, Cổng thông tin một cửa tiếp nhận thông tin từ người khai, sau đó chuyển các thông tin đến hệ thống cơ quan Hải quan, Kiểm dịch, Biên phòng. Các cơ quan xử lý và chuyển kết quả về Cổng thông tin một cửa quốc gia. Cổng thông tin chuyển kết quả đến cảng vụ hàng hải thực hiện các nghiệp vụ theo quy định. Cảng vụ hàng hải gửi kết quả về Cổng thông tin một cửa quốc gia để thông báo đến người khai kết quả thông quan tàu thuyền.

Phương án tiếp nhận và xử lý thông tin tại phương án 2 được đa số các đơn vị tham gia đồng tình. Bởi mỗi bộ, ngành đều có các hoạt động nghiệp vụ đặc thù và cơ chế tiếp nhận xử lý riêng mang tính chất nội bộ.

Tuy nhiên, điều mà đại diện các đơn vị băn khăn đó là không phải ngành nào cũng đã triển khai hệ thống thông tin điện tử. Đại diện Cục Bảo vệ thực vật, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cho biết, toàn bộ các thủ tục về kiểm dịch thực vật hiện nay hoàn toàn thực hiện khai giấy và cấp giấy.

Theo Bộ Tư lệnh Bộ đội biên phòng, mặc dù Quyết định 22/2011/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ cho phép thực hiện thí điểm thủ tục biên phòng điện tử cảng biển tại 7 đơn vị Biên phòng cửa khẩu cảng, nhưng phải đến cuối năm 2013 mới triển khai chính thức việc kê khai thủ tục bằng phương thức điện tử.

Việc triển khai hệ thống cổng thông tin một cửa quốc gia có nhiều khó khăn do chưa có tính đồng bộ về hệ thống thông tin điện tử tại mỗi đơn vị, nhưng đại diện các đơn vị đều khẳng định mô hình hoạt động của cơ chế hải quan một cửa quốc gia sẽ đem lại nhiều lợi ích cho doanh nghiệp, người dân cũng như cơ quan quản lý. Để thực hiện được mô hình này cần thiết phải xây dựng một văn bản pháp lý cao như nghị định để các đơn vị thống nhất thực hiện.

Trên cơ sở thống nhất ý kiến tham gia của các bộ, ngành, đại diện Ban Cải cách hiện đại hóa cho biết sẽ báo cáo với Ban Chỉ đạo quốc gia về Cơ chế một cửa ASEAN và Cơ chế hải quan một cửa quốc gia để xây dựng lộ trình, tiến độ thực hiện mô hình hoạt động của Cơ chế hải quan một cửa quốc gia tại cảng biển.