Từ một Tổ máy tính điện tử thuộc Văn phòng Tổng cục những ngày đầu thành lập năm 1987, nhân sự chỉ có 04 người, nhiệm vụ cốt lõi là đưa ứng dụng điện toán vào công tác quản lý Hải quan; 03 năm sau đó, Tổ được nâng cấp thành phòng Thống kê máy tính trực thuộc Tổng cục Hải quan. Năm 1994, Trung tâm Tin học và Thống kê Hải quan được thành lập, là cơ sở quan trọng xây dựng một Cục nghiệp vụ trọn vẹn cả về cơ cấu tổ chức và nhân lực, vật lực. Trên nền tảng ấy, Cục CNTT và Thống kê hải quan chính thức được thành lập theo Quyết định số 40/2001/QĐ-TTg ngày 26/03/2001 của Thủ tướng Chính phủ. Đến nay, Cục CNTT và Thống kê hải quan đã được hoàn thiện về tổ chức, đảm bảo triển khai các nhiệm vụ chính trị được cấp trên giao phó. Đặc biệt, đội ngũ Lãnh đạo, cán bộ, công chức của Cục đều có trình độ cao, kỹ năng làm việc thành thạo và tâm huyết với nghề. Cục có 98/99 cán bộ có trình độ đại học. Trong đó, trình độ sau đại học là 25 cán bộ, chiếm 25,3% và nhiều cán bộ trẻ đang theo học sau đại học.

Cục CNTT và Thống kê hải quan đã thể hiện rõ vai trò nòng cốt, đưa công tác ứng dụng CNTT vào hoạt động quản lý nhà nước về hải quan ngày càng phát triển. Từ nhiệm vụ ban đầu chỉ là áp dụng kỹ thuật điện toán để làm thay một số quy trình thủ tục hải quan thủ công như đăng kí tờ khai, thống kê… đến nay lĩnh vực CNTT dần vươn tới đáp ứng mục tiêu ứng dụng phương pháp quản lý hải quan hiện đại theo chuẩn mực của Tổ chức Hải quan thế giới - WCO. 

10 năm trở lại đây đánh dấu bước phát triển vượt bậc trong công tác ứng dụng CNTT ngành Hải quan. CNTT đã được áp dụng vào tất cả các quy trình nghiệp vụ hải quan. Nhiều trang thiết bị hiện đại được trang bị mới và lắp đặt như Trung tâm dữ liệu, hệ thống camera, hệ thống an ninh an toàn, máy soi container… Cục CNTT và Thống kê hải quan cũng đã tham mưu, xây dựng và đề xuất, triển khai có hiệu quả các tiến trình hiện đại hóa hải quan như thủ tục hải quan điện tử (TTHQĐT), cổng thanh toán điện tử, quản lý rủi ro, cơ chế hải quan một cửa…

Hiện hệ thống thông quan điện tử (e-Customs) đã được triển khai trên toàn bộ 34/34 Cục Hải quan với 148/170 Chi cục, trong đó 23 Cục Hải quan đã triển khai tại 100% Chi cục trực thuộc. Trong năm 2013, cả nước có 50,1 nghìn doanh nghiệp thực hiện TTHQĐT, tăng 16,8% so với năm trước và chiếm 96% tổng số doanh nghiệp thực hiện thủ tục hải quan; số tờ khai thực hiện TTHQĐT là 5,5 triệu tờ khai, tăng 26,3% so với năm 2012 và chiếm 93,4% tổng số tờ khai XNK trên toàn quốc. Tổng kim ngạch XNK bằng TTHQĐT là hơn 252 tỷ USD, tăng  25,4% so với cả năm trước và chiếm 95% tổng trị giá XNK của cả nước.

Hệ thống e-Manifest mới được triển khai từ 01/8/2013 nhưng cũng đạt được kết quả khả quan, tính đến cuối năm 2013 đã tiếp nhận được 7.155 hồ sơ điện tử; triển khai cho 43 hãng tàu, 348 đại lý hãng tàu và hơn 1.283 công ty giao nhận trên cả nước.

Cổng thanh toán điện tử cũng đã được triển khai cho 34/34 Cục HQ tỉnh, thành phố. Tính đến hết ngày 31/12/2013 số thu ngân sách qua ngân hàng thương mại đạt 117,2 nghìn tỷ VNĐ trên tổng số 649,2 nghìn tờ khai.

Đặc biệt, không thể không nhắc đến Hệ thống thông quan hàng hóa VNACCS/VCIS do Chính phủ Nhật Bản tài trợ sẽ chính thức được áp dụng trên toàn quốc từ tháng 4/2014 tới đây. Việc triển khai hệ thống này có ý nghĩa rất lớn, giúp toàn ngành đổi mới phương thức quản lý, thực hiện thủ tục hải quan đơn giản, hài hòa theo chuẩn mực quốc tế, hỗ trợ tối đa người dân và doanh nghiệp, đúng như chiến lược phát triển Hải quan Việt Nam. Thể hiện vai trò nòng cốt, Cục CNTT và Thống kê hải quan đã dốc toàn bộ lực lượng, làm việc không kể ngày đêm, phối hợp với các chuyên gia Nhật Bản và các bên liên quan để Hệ thống sẵn sàng vận hành theo kế hoạch đề ra. Cục đã nỗ lực chuẩn bị và đi đến hoàn thiện các điều kiện về cơ sở hạ tầng, nguồn lực để chính thức triển khai Hệ thống VNACCS/VCIS trên toàn quốc; triển khai các hệ thống vệ tinh gồm Hệ thống e-Cutoms, Hệ thống thông tin giá tính thuế, Hệ thống kế toán thuế xuất nhập khẩu và Hệ thống thông tin quản lý rủi ro theo mô hình xử lý tập trung cấp Tổng cục để kết nối trao đổi thông tin với Hệ thống VNACCS/VCIS.

Khác với nhiều Cục ứng dụng CNTT của các Bộ, ngành khác, Cục CNTT và Thống kê hải quan còn thực hiện chức năng thống kê nhà nước về hải quan. Đây cũng là một trong những nhiệm vụ chính của ngành Hải quan. Các báo cáo thống kê hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu do Cục thu thập và công bố đã góp phần rất lớn trong việc hoạch định chính sách và phục vụ điều hành, quản lý vĩ mô của Lãnh đạo Đảng và Nhà nước, Văn phòng Chính phủ, Bộ Tài chính, Bộ Công Thương, ngành Hải quan và các cơ quan khác của Chính phủ.

Vai trò và uy tín về chất lượng của số liệu thống kê hải quan ngày càng khẳng định mạnh mẽ trong và ngoài ngành Hải quan thể hiện qua số lượng yêu cầu về thông tin tăng hơn nhanh so với các năm trước. Số liệu và thông tin thống kê hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu đáp ứng ngày càng cao trong đàm phán hội nhập kinh tế quốc tế và khu vực của Việt Nam. Đội ngũ cán bộ thống kê của Cục CNTT và thống kê hải quan cũng đã nỗ lực trong việc đưa số liệu thống kê hàng hóa xuất nhập khẩu đến với đông đảo người dùng thông qua Cổng Thông tin điện tử Hải quan.

Trong 27 năm qua, Cục CNTT&TKHQ đã có bước tiến vượt bậc trong các mặt công tác, đóng góp ngày càng tích cực hơn cho công cuộc cải cách, hiện đại hóa ngành Hải quan, được cấp trên, người dân và doanh nghiệp ghi nhận. Năm 2002 đơn vị được tặng Huân chương Lao động hạng Ba, năm 2005 được tặng Huân chương Lao động hạng Nhì, năm 2010 được tặng Huân chương Lao động hạng Nhất cùng nhiều thành tích, phần thưởng cao quý khác cho tập thể và các cá nhân thuộc Cục. Đặc biệt, trong năm 2009, Tổng cục Hải quan đạt Giải thưởng Cơ quan Trung ương ứng dụng công nghệ thông tin hiệu quả nhất tại Giải CNTT quốc gia - ICT Award (do Bộ Thông tin và Truyền thông tổ chức). Giải thưởng thể hiện sự ghi nhận và tôn vinh của xã hội đối với công tác ứng dụng CNTT ngành Hải quan mà trong đó Cục CNTT và Thống kê hải quan có vai trò nòng cốt.

Trong thời gian tới, nhiệm vụ của Cục CNTT và Thống kê hải quan sẽ càng trở nên nặng nề khi yêu cầu của các cấp lãnh đạo và người dân, doanh nghiệp ngày càng cao. Công tác ứng dụng CNTT sẽ phải xây dựng hệ thống dịch vụ hải quan hiện đại, phong phú, góp phần chuyển đổi cơ quan công quyền trở thành cơ quan quản lý cung cấp các dịch vụ thuận lợi và thân thiện với người dùng. Để đạt được mục tiêu đó, lãnh đạo và công chức Cục CNTT và Thống kê hải quan sẽ tiếp tục lao động, sáng tạo để xây dựng đơn vị ngày càng trưởng thành, có chuyên môn sâu, hoạt động hiệu quả, hiện đại và văn minh.