Cục Điều tra chống buôn lậu tiền thân là Cục Kiểm soát Tố tụng, được thành lập ngày 20-10-1984 theo Nghị định số 139/HĐBT của Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng. Những ngày đầu thành lập, Cục chỉ có 2 đơn vị với gần 40 CBCC. Ngày 7-3-1994, tại Nghị định số 16/NĐ-CP của Thủ tướng Chính phủ, Cục Kiểm soát Tố tụng được đổi tên thành Cục Điều tra chống buôn lậu như hiện nay.

Cùng với sự phát triển của ngành Hải quan, Cục Điều tra chống buôn lậu là đơn vị đi đầu, đặt nền móng cho việc triển khai nhiều nhiệm vụ quan trọng, vừa mới, vừa khó trong lĩnh vực quản lý Nhà nước về Hải quan như: Phòng, chống ma tuý; công tác thu thập xử lý thông tin nghiệp vụ hải quan; áp dụng quản lý rủi ro; bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ; chống hàng giả và cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế.

Trong từng nhiệm vụ được giao, Cục Điều tra chống buôn lậu đều khẳng định được vai trò nòng cốt trong lĩnh vực tham mưu cho lãnh đạo Tổng cục Hải quan, Bộ Tài chính trong điều hành hiệu quả công tác kiểm soát hải quan; đòi hỏi từng bước xây dựng được một lực lượng chuyên nghiệp, chính quy, hiện đại, đáp ứng kịp thời yêu cầu quản lý trước những diễn biến ngày càng phức tạp của hoạt động buôn lậu, gian lận thương mại và vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới.

Về cơ sở pháp lý, việc sửa đổi, bổ sung một cách toàn diện các quy định về thẩm quyền, phạm vi trách nhiệm và các biện pháp nghiệp vụ kiểm soát hải quan tại Luật Hải quan số 54/2014/QH13 (được Quốc hội thông qua ngày 23-6-2014) đã đặt nền tảng ban đầu cho việc hình thành hệ thống văn bản pháp quy chính quy việc triển khai các biện pháp nghiệp vụ kiểm soát hải quan, thay thế cách làm việc theo  kinh nghiệm, truyền thống, thiếu thống nhất, thiếu cụ thể như trước đây.

Từ năm 2006 đến nay, bộ máy, nhân sự  và hoạt động của lực lượng kiểm soát hải quan được  kiện toàn, tổ chức chặt chẽ theo ngành dọc từ trung ương đến địa phương, có các đơn vị nghiệp vụ chuyên sâu với những lĩnh vực như thu thập, xử lý thông tin nghiệp vụ hải quan, phòng, chống ma tuý, sở hữu trí tuệ. Tại trung ương là Cục Điều tra chống buôn lậu; tại cấp Cục Hải quan tỉnh, thành phố, đã hình thành được: 36 Đội Kiểm soát Hải quan, 12 Đội Kiểm soát phòng, chống ma tuý, 22 Phòng Chống buôn lậu và xử lý vi phạm; 13 tổ Tham mưu xử lý vi phạm và thu thập thông tin nghiệp vụ hải quan thuộc Phòng Nghiệp vụ (đối với nơi không có Phòng); tại cấp Chi cục Hải quan cửa khẩu và tương đương có 44 Tổ Kiểm soát hải quan, 23 Tổ Kiểm soát phòng, chống ma tuý.

Năm 2014, công tác tham mưu của Cục còn ghi dấu ấn trong việc đã chủ động, tích cực tham mưu cho Bộ Tài chính, Chính phủ thành lập và triển khai nhanh chóng, chất lượng mô hình tổ chức, hoạt động của Ban chỉ đạo 389 Quốc gia và Văn phòng thường trực của Ban chỉ đạo; Giúp lãnh đạo Bộ Tài chính, lãnh đạo Tổng cục Hải quan thực hiện tốt vai trò thường trực giúp việc cho Ban chỉ đạo 389 Quốc gia nhằm tăng cường hiệu quả công tác phối hợp giữa các cơ quan chức năng, các địa phương về đấu tranh phòng, chống buôn lậu.

Đến nay, Cục Điều tra chống buôn lậu đã hoàn thành nhiều đề án lớn, nhằm tăng cường năng lực cho lực lượng kiểm soát Hải quan theo hướng “Chuyên sâu-Chuyên nghiệp-Hiệu quả” gồm: Đề án nâng cao năng lực cho lực lượng hải quan chuyên trách chống buôn lậu đến năm 2020, Đề án tăng cường năng lực phòng, chống ma tuý của ngành Hải quan, Đề án đầu tư trang bị và quản lý tàu thuyền của ngành Hải quan giai đoạn 2011-2020, phù hợp với tiến trình cải cách, hiện đại hóa ngành Hải quan.

Lập nhiều chiến công

Với vai trò chủ công trên mặt trận chống buôn lậu, CBCC của Cục Điều tra chống buôn lậu luôn đề cao tinh thần trách nhiệm, chú trọng công tác tuần tra, kiểm soát, ngày đêm bám địa bàn; chủ trì, phối hợp chặt chẽ với lực lượng kiểm soát của các Cục Hải quan tỉnh, thành phố cũng như các lực lượng chức năng khác đấu tranh quyết liệt, có hiệu quả với các hành vi vi phạm pháp luật về hải quan. Niềm tin, uy tín của lực lượng chống buôn lậu ngành Hải quan trước Đảng, trước nhân dân được khẳng định qua những chiến công trong hàng loạt chuyên đề, chuyên án đấu tranh với các hiện tượng, vụ việc nóng, nổi cộm.

Đơn cử  như: Hiện tượng NK các máy móc thiết bị y tế đã qua sử dụng, không đủ tiêu chuẩn kỹ thuật NK ảnh hưởng trực tiếp đến sức khoẻ nhân dân; lợi dụng chính sách đối với loại hình kinh doanh tạm nhập, tái xuất để buôn lậu hàng cấm, hàng có thuế suất cao; lợi dụng chính sách miễn thuế đối với xe ôtô Việt kiều hồi hương; tình trạng buôn bán vận chuyển trái phép động thực vật hoang dã; hiện tượng buôn lậu, gian lận trong việc NK hàng tiêu dùng, nhất là hàng bách hóa có xuất xứ từ Trung Quốc; tình trạng vận chuyển trái phép các mặt hàng cấm, hàng có giá trị cao như: ma túy, tân dược, vũ khí, vàng, kim loại quý, ngoại tệ,... qua tuyến hàng không. Cùng với đó, lực lượng chuyên trách chống buôn lậu ngăn chặn hành vi chiếm đoạt hàng nghìn tỷ đồng tiền thuế qua lợi dụng chính sách hoàn thuế GTGT đối với hàng XK.

Hơn 5 năm qua (từ năm 2009 đến 9-2014), Cục Điều tra chống buôn lậu đã phát hiện, bắt giữ 644 vụ vi phạm pháp, tịch thu hàng vi phạm ước tính 1.080 tỷ đồng, khởi tố hình sự 28 vụ, chuyển cơ quan khác khởi tố 14 vụ, thu nộp ngân sách Nhà nước khoảng 178,4 tỷ đồng. Trong đó, đơn vị đã xác lập gần 50 chuyên án và phá thành công nhiều chuyên án lớn gây bức xúc trong dư luận.

Từ những vụ việc nóng, nổi cộm do đơn vị bắt giữ, xử lý, Cục Điều tra chống buôn lậu đã sớm phát hiện những sơ hở, thiếu sót trong công tác quản lý, kịp thời kiến nghị Thủ tướng Chính phủ, các bộ, ngành sửa đổi, bổ sung, góp phần hoàn thiện cơ chế, chính sách quản lý Nhà nước về Hải quan trong nhiều lĩnh vực như: Chính sách biên mậu; Chính sách hoàn thuế GTGT đối với hàng XK; Chính sách quản lý đối với các mặt hàng có thuế suất cao như rượu, bia, thuốc lá, lá thuốc lá; Chính sách quản lý đối với những mặt hàng chiến lược như xăng dầu, than, quặng; Công tác quản lý đối với hàng hóa XNK tại cảng biển; chính sách quản lý cấp phép NK thiết bị y tế,...

Với bề dày thành tích 30 năm xây dựng và trưởng thành, trong điều kiện nền kinh tế đất nước đang gặp nhiều khó khăn trước ảnh hưởng suy thoái kinh tế, đặc biệt là đối với lĩnh vực sản xuất, Cục Điều tra Chống buôn lậu tiếp tục nỗ lực phát huy vai trò "gác cửa nền kinh tế", vừa tích cực phòng, chống buôn lậu bảo vệ sản xuất trong nước, vừa đảm bảo nguồn thu ngân sách Nhà nước.