Cục Hải quan Đồng Nai được thành lập theo Quyết định số 137/TTg ngày 01/04/1994 của Thủ tướng Chính phủ, với địa bàn hoạt động bao gồm các cảng sông quốc tế, cảng chuyên dùng, các địa điểm làm thủ tục Hải quan ngoài cửa khẩu, khu công nghiệp, khu chế xuất, kho ngoại quan, địa điểm kiểm tra hàng hóa nội địa (ICD) trên địa bàn tỉnh Đồng Nai và các cảng, các doanh nghiệp có hàng hóa xuất nhập khẩu của tỉnh Bình Thuận.

Trong suốt 20 năm hình thành và phát triển, Cục Hải quan tỉnh Đồng Nai luôn là một trong những đơn vị dẫn đầu ngành Hải quan về các mặt công tác như: cải cách, hiện đại hoá hải quan, thu ngân sách... Từ khi được thành lập đến nay, đơn vị đã nhiều năm liên tục thu thuế vượt chỉ tiêu được giao. Trong những năm gần đây, khi tình hình kinh tế thế giới gặp nhiều khó khăn, thương mại sụt giảm mạnh tác động tiêu cực đến nền kinh tế trong nước, để thực hiện các chính sách, chủ trương của Đảng, Nhà nước và Bộ Tài chính, lãnh đạo Cục Hải quan tỉnh Đồng Nai đã chỉ đạo quyết liệt, triển khai, áp dụng nhiều biện pháp chống thất thu, thu hồi nợ đọng thuế, cải cách thủ tục hành chính tạo thuận lợi cho hoạt động xuất nhập khẩu trên địa bàn. Năm 2011, Cục Hải quan tỉnh Đồng Nai đã  thu đạt 10.498 tỷ đồng (vượt 137,23% chỉ tiêu được giao). Năm 2012, số thu của đơn vị đạt 10.982 tỷ đồng (vượt 107,3% chỉ tiêu được giao). Đặc biệt, năm 2013, khi tình hình kinh tế vẫn còn nhiều khó khăn, đơn vị đã phấn đấu thu đạt 13.055 tỷ đồng (vượt 102,2% chỉ tiêu được giao).

Để thực hiện tốt nhiệm vụ chuyên môn, Cục Hải quan tỉnh Đồng Nai đã chú trọng tới tin học hóa công tác quản lý cán bộ, công chức, cải tiến quy trình nghiệp vụ cũng như quản lý doanh nghiệp nhằm tiết kiệm công sức, thời gian và chi phí hành chính cho cả cơ quan Hải quan và doanh nghiệp. Cục Hải quan tỉnh Đồng Nai là đơn vị đầu tiên của ngành Hải quan đã được cấp Giấy chứng nhận Hệ thống quản lý chất lượng theo phiên bản mới nhất ISO 9001-2008. Nhiều chương trình tin học, đề tài khoa học do đơn vị xây dựng đã được triển khai và áp dụng đem lại hiệu quả cao góp phần minh bạch hoá công tác quản lý hải quan, giảm thủ tục, giấy tờ, hạn chế tiêu cực. Bên cạnh đó, đơn vị cũng triển khai các chương trình tin học giúp đánh giá được trình độ năng lực của CBCC trong Cục qua đó để bố trí, phân công cán bộ, công chức một cách hợp lý theo trình độ và đã được đánh giá cao và nhân rộng tới các đơn vị khác trong ngành Hải quan (như: đề tài “Cẩm nang tra cứu mã số thuế hàng hóa XNK” đề tài nghiên cứu khoa học cấp ngành “Xây dựng chương trình Quản lý danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế trực tuyến”; Chương trình “Đánh giá, phân loại CBCC trên mạng nội bộ”; chương trình “Đăng ký danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế trực tuyến”; chương trình “Quản lý kho ngoại quan”; chương trình “Quản lý tờ khai; chương trình “Đăng ký làm việc trực tuyến; chương trình “Tra cứu biểu thuế XNK”; chương trình “Quản lý văn bản, hồ sơ công việc ĐNa-Office”...). Khi triển khai thực hiện “Khai báo Hải quan từ xa”, Cục Hải quan tỉnh Đồng Nai đã vận động doanh nghiệp trên địa bàn và được các doanh nghiệp hưởng ứng đạt 100% doanh nghiệp thực hiện.

Về công tác xã hội, Cục Hải quan tỉnh Đồng Nai đã tham gia vận động quyên góp, xây dựng 11 căn nhà tình thương cho các đồng bào ở vùng sâu, vùng xa và 01 ngôi nhà nhân ái cho mẹ của 01 cán bộ hải quan. Cán bộ, công chức trong đơn vị cũng tích cực tham gia ủng hộ các quỹ hỗ trợ do địa phương phát động như: quỹ “Vì trường sa thân yêu”, quỹ “Vì người nghèo”, quỹ “Đền ơn đáp nghĩa” , quỹ “Bảo trợ trẻ em”, quỹ “Tiếp bước cho em đến trường”, quỹ “Nạn nhân chất độc da cam/dioxin tỉnh Đồng Nai” và hoạt động “Hướng về phụ nữ và trẻ em nghèo”. Cục Hải quan tỉnh Đồng Nai đã tổ chức được 02 đợt trao quà và học bổng cho trẻ em nghèo hiếu học tại huyện Xuân Lộc; thăm và tặng quà trung thu cho các cháu thiếu nhi tại xã Phú Lý, huyện Vĩnh Cửu, Trung tâm Bảo trợ và huấn luyện cô nhi, Trung tâm Nuôi dưỡng trẻ khuyết tật của tỉnh. Tuyên truyền, vận động các công đoàn viên tích cực tham gia hiến máu tình nguyện nhân ngày “Toàn dân hiến máu tình nguyện” (07/4) và ngày “Thế giới tôn vinh người hiến máu”.

Trong quá trình trưởng thành và phát triển, Cục Hải quan tỉnh Đồng Nai đã vinh dự được Nhà nước trao tặng nhiều danh hiệu, hình thức khen thưởng cao quý như “Anh hùng Lao động” giai đoạn 1995-2005; Huân chương Lao động hạng nhất năm 2009; liên tục trong các năm 2010, 2011,2012 đơn vị được tặng Cờ Thi đua của Chính phủ và Cờ thi đua hạng Nhất, Nhì của UBND tỉnh Đồng Nai.

Với thành tích cũng như đóng góp của Cục Hải quan tỉnh Đồng Nai trong thời gian qua, ngày 11/3/2014, Chủ tịch nước Trương Tấn Sang đã ký quyết định số 624/QĐ-CTN tặng Huân chương Độc lập hạng ba cho Cục Hải quan tỉnh Đồng Nai vì đã có những đóng góp quan trọng vào công tác quản lý hải quan, góp phần vào sự nghiệp xây dựng Chủ nghĩa xã hội và bảo vệ Tổ quốc. Đây là sự ghi nhận, động viên quý báu của Đảng, Nhà nước, Chính phủ đối với Cục Hải quan tỉnh Đồng Nai nhân dịp đơn vị chuẩn bị tổ chức kỷ niệm 20 ngày thành lập. Kết quả trên cũng góp phần tô đậm thêm truyền thống vẻ vang của ngành Hải quan trước thềm kỷ niệm 70 năm ngày thành lập vào năm 2015.