Theo quy định hiện hành, việc đăng kí danh mục miễn thuế thực hiện theo quy định tại Điều 102, Thông tư 194/2010/TT-BTC của Bộ Tài chính. Đại diện Nhóm thông quan (Ban triển khai Dự án VNACCS/VCIS) cho biết, quy trình này vẫn đang thực hiện thủ công (quản lí bằng hồ sơ giấy). Nhưng trong VNACCS đã thiết kế chức năng quản lí đối với danh mục miễn thuế. Việc khai danh mục miễn thuế (TEA), đăng kí danh mục miễn thuế (CTL); sử dụng danh mục miễn thuế (IDA/EDA) sẽ được thực hiện tự động thông qua VNACCS.

Quy trình nghiệp vụ cụ thể đối với nghiệp vụ này sẽ được thực hiện như sau: Đối với khai danh mục miễn thuế, người khai khai danh mục miễn thuế bằng nghiệp vụ TEA và gửi đến hệ thống VNACCS. Hệ thống tự động cấp số và gửi lại bản danh mục miễn thuế cho người khai và cơ quan Hải quan.

Quy trình đăng kí danh mục miễn thuế, người khai nộp hồ sơ giấy theo quy định cho cơ quan Hải quan nơi đăng kí danh mục miễn thuế. Cơ quan Hải quan sử dụng bản danh mục miễn thuế do VNACCS gửi đến để kiểm tra cùng với hồ sơ liên quan do người khai hải quan nộp. Kết thúc kiểm tra, cơ quan Hải quan cập nhật kết quả kiểm tra vào hệ thống VNACCS bằng nghiệp vụ CTL theo một trong các trường hợp: Đăng kí danh mục miễn thuế, không đăng kí danh mục miễn thuế, chỉ dẫn sửa đổi danh mục miễn thuế.

Song song với đó, VNACCS cũng gửi thông báo kết quả kiểm tra thông tin danh mục miễn thuế cho người khai trong các trường hợp: Chấp thuận đăng kí danh mục miễn thuế, không chấp thuận đăng kí danh mục miễn thuế, chấp thuận đăng kí nhưng có chỉ dẫn người khai sửa đổi danh mục miễn thuế. Trường hợp cơ quan Hải quan có chỉ dẫn sửa đổi danh mục miễn thuế, người khai sửa đổi bằng nghiệp vụ “gọi lại, sửa đổi danh mục miễn thuế (TBE)” và thực hiện các thông tin nghiệp vụ cần thiết bằng nghiệp vụ TEA và thực hiện tiếp các công việc theo quy định.

Việc sử dụng danh mục miễn thuế, tại khâu làm thủ tục xuất nhập khẩu: Khi khai thông tin xuất nhập khẩu bằng nghiệp vụ khai báo trước, khai báo tạm thông tin xuất khẩu, nhập khẩu (EDA/IDA), ngươi khai phải điền đầy đủ các chỉ tiêu (Mã miễn thuế xuất nhập khẩu, số đăng kí danh mục miễn thuế xuất nhập khẩu, số thứ tự dòng hàng tương ứng trong danh mục miễn thuế). Sau khi người khai nhập đủ thông tin và gửi đến hệ thống VNACCS, hệ thống sẽ tự động đối chiếu, kiểm tra các thông tin để xác định có phù hợp với danh mục miễn thuế đã đăng kí hay không.

Việc kiểm tra tự động của hệ thống được thực hiện tại các thời điểm (khai thông tin xuất nhập khẩu bằng nghiệp vụ EDA/IDA; đăng kí tờ khai xuất nhập khẩu bằng nghiệp vụ khai báo xuất nhập khẩu chính thức - EDC/IDC; trước khi cấp phép thông quan hàng hóa xuất nhập khẩu). Trường hợp không phù hợp với hệ thống, hệ thống bão lỗi; trường hợp phù hợp thì đồng thời ngay khi cấp phép thông quan, hệ thống tự động trừ lùi số lượng hàng hóa miễn thuế theo từng dòng hàng cụ thể trên danh mục miễn thuế. Sau đó, hệ thống tự động gửi tờ khai được thông quan cho người khai danh mục miễn thuế, người xuất nhập khẩu để hỗ trợ họ cập nhật, theo dõi, quản lí, sử dụng danh mục miễn thuế đã đăng kí.

Với trường hợp khi xuất nhập khẩu hết lượng hàng hóa trên từng danh mục miễn thuế đã đăng kí thì trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày nhập hết số lượng của các dòng hàng trong 1 danh mục miễn thuế, cơ quan Hải quan có trách nhiệm thực hiện lệnh xóa danh mục miễn thuế khỏi hệ thống để không làm ảnh hưởng đến tốc độ xử lí của VNACCS.