Theo đó, hoá đơn điện tử được khởi tạo, lập, xử lý trên hệ thống máy tính của tổ chức đã được cấp mã số thuế khi bán hàng hoá, dịch vụ và được lưu trữ trên máy tính của các bên theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử.
Hóa đơn điện tử gồm các loại: hóa đơn xuất khẩu; hóa đơn thuế giá trị gia tăng; hóa đơn bán hàng; hóa đơn khác gồm: tem, vé, thẻ, phiếu thu tiền bảo hiểm...; phiếu thu tiền cước vận chuyển hàng không, chứng từ thu cước phí vận tải quốc tế, chứng từ thu phí dịch vụ ngân hàng...
Cũng theo Thông tư, hóa đơn điện tử có giá trị pháp lý nếu thỏa mãn đồng thời các điều kiện sau:
(1) Có sự đảm bảo đủ tin cậy về tính toàn vẹn của thông tin chứa trong hóa đơn điện tử từ khi thông tin được tạo ra ở dạng cuối cùng là hóa đơn điện tử.
Tiêu chí đánh giá tính toàn vẹn là thông tin còn đầy đủ và chưa bị thay đổi, ngoài những thay đổi về hình thức phát sinh trong quá trình trao đổi, lưu trữ hoặc hiển thị hóa đơn điện tử.
(2) Thông tin chứa trong hóa đơn điện tử có thể truy cập, sử dụng được dưới dạng hoàn chỉnh khi cần thiết.
Để được phát hành hóa đơn điện tử, người bán hàng hóa, dịch vụ phải là tổ chức đang thực hiện giao dịch điện tử trong khai thuế với cơ quan thuế hoặc có sử dụng giao dịch điện tử trong hoạt động ngân hàng; có địa điểm, các đường truyền tải thông tin, mạng thông tin; có chữ ký điện tử...
Trước khi khởi tạo hóa đơn, tổ chức khởi tạo hóa đơn điện tử phải ra quyết định áp dụng hóa đơn điện tử gửi cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Thông tư cũng quy định, hóa đơn điện tử có giá trị tương đương hóa đơn giấy. Người mua, người bán được chuyển đổi hóa đơn điện tử sang hóa đơn giấy để phục vụ việc lưu trữ chứng từ kế toán nhưng phải đáp ứng điều kiện: phản ảnh toàn vẹn nội dung của hóa đơn điện tử gốc; có ký hiệu riêng xác nhận đã được chuyển đổi từ hóa đơn điện tử; có chữ ký và họ tên của người thực hiện chuyển đổi...