Theo Cục Hải quan Bà Rịa- Vũng Tàu, nguyên nhân số  nợ thuế quá hạn tại đơn vị tăng so với thời điểm 31/12/2012 là do một số trường hợp doanh nghiệp đã nộp đúng hạn nhưng do việc luân chuyển chứng từ nộp tiền qua liên ngân hàng dẫn đến cơ quan Hải quan nhận chứng từ thường chậm vài ngày hoặc do doanh nghiệp đã nộp tiền tại các điểm giao dịch của ngân hàng nhưng cơ quan Hải quan không nhận được chứng từ.

Có một số trường hợp doanh nghiệp nợ thuế mặc dù đơn vị đã gửi thông báo nhưng do tình hình kinh tế  khó khăn chưa nộp đúng ngày. Cũng có một số trường hợp doanh nghiệp trây ỳ cố tình chưa nộp dẫn đến số thuế nợ tăng, điển hình như trường hợp của Công ty gạch men Hoàng Gia nợ thuế trên 27 tỉ đồng.

Đáng chú ý là số nợ thuế không có khả năng thu hồi tại Cục Hải quan Bà Rịa- Vũng Tàu tính đến thời điểm cuối tháng 4/2013 đã lên tới trên 410 tỉ đồng. Đây là số nợ đọng của một số công ty giải thể, phá sản, ngừng hoạt động phát sinh từ năm 1996 đến trước thời điểm Luật Quản lí thuế có hiệu lực (ngày 1/1/2007).

Điển hình một số doanh nghiệp có số nợ lớn như: Công ty xuất nhập khẩu Nông sản và tiểu thủ công nghiệp tỉnh Bà Rịa- Vũng Tàu (Vũng Tàu Shihanco) nợ trên 317 tỉ đồng, Công ty xuất nhập khẩu Vật tư đường biển nợ trên 29 tỉ đồng, Công ty Dịch vụ hậu cần thủy sản tỉnh Bà Rịa- Vũng Tàu nợ trên 26 tỉ đồng, Công ty xuất nhập khẩu Vật tư thiết bị ngành in nợ trên 12 tỉ đồng…

Ngoài ra theo thống kê của Cục Hải quan Bà Rịa- Vũng Tàu, tại đơn vị hiện có khoảng gần 40 doanh nghiệp nợ thuế bỏ trốn, trong đó một số doanh nghiệp có số nợ thuế khá lớn. Điển hình như trường hợp của Công ty TNHH ô tô Phương Khanh (trụ sở tại TP. Hồ Chí Minh). Công ty này có hành vi sử dụng chứng từ giả, hạ giá để trốn thuế đối với 7 bộ hồ sơ nhập khẩu 8 chiếc xe ô tô du lịch.

Căn cứ vào hồ sơ được cơ quan điều tra của Bộ Công an cung cấp, thực hiện chỉ đạo của Tổng cục Hải quan, Chi cục KTSTQ, Cục Hải quan Bà Rịa- Vũng Tàu đã xác định lại giá tính thuế đối với 8 chiếc ô tô thuộc 7 tờ khai nói trên; ra quyết định ấn định thuế với số tiền hơn 4 tỉ đồng, tuy nhiên doanh nghiệp này đã bỏ trốn khỏi địa chỉ kinh doanh. Hiện Cục Hải quan Bà Rịa- Vũng Tàu đã chuyển hồ sơ của doanh nghiệp trên sang cơ quan Công an để tiếp tục điều tra.

Gần đây nhất Cục Hải quan Bà Rịa- Vũng Tàu đã phải ra quyết định áp dụng biện pháp cưỡng chế trích toàn bộ số tiền gửi từ tài khoản của Công ty TNHH Ô tô Hàn Quốc (trụ sở tại Bình Dương) tại Ngân hàng TMCP Phương Đông với số tiền trích nộp 532,7 triệu đồng do doanh nghiệp này không chấp hành thông báo về tiền thuế nợ và tiền phạt chậm của Chi cục Hải quan cửa khẩu Cảng Phú Mỹ.

Cụ thể, Công ty TNHH ô tô Hàn Quốc mở 9 tờ khai nhập khẩu mặt hàng ô tô tại Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Phú Mỹ từ năm 2007 với tổng số tiền thuế nhập khẩu và thuế Giá trị gia tăng phải nộp là trên 1,1 tỉ đồng. Tuy nhiên, sau khi hết thời gian được hưởng ân hạn thuế, doanh nghiệp này đã không tới nộp khoản thuế trên vào ngân sách Nhà nước và bỏ trốn khỏi địa chỉ kinh doanh.

Ông Trần Văn Danh, Cục trưởng Cục Hải quan Bà Rịa- Vũng Tàu cho biết, đối với một số doanh nghiệp có số nợ thuế lớn nêu trên bên cạnh việc báo cáo Tổng cục Hải quan xin ý kiến chỉ đạo, đơn vị đã tiến hành nhiều biện pháp như: Phân loại đối tượng nợ thuế theo đúng hướng dẫn của Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan tại Thông tư 34/2010/TT-BTC của Bộ Tài chính để đề xuất cơ quan cấp trên xem xét xóa nợ đối với các khoản nợ tồn đọng từ nhiều năm chưa được xử lí dứt điểm, đặc biệt là các doanh nghiệp có số nợ lớn như Công ty Vũng Tàu Shihanco nợ 317 tỉ đồng.

Ngoài ra, Cục Hải quan Bà Rịa- Vũng Tàu đã tiến hành phối hợp với các cơ quan chức năng có liên quan như: Ngân hàng, Công an, Viện Kiểm sát, Tòa án, chính quyền địa phương nơi doanh nghiệp đóng trụ sở để thu hồi nợ thuế theo Luật Quản lí thuế. Mặc dù Cục Hải quan Bà Rịa- Vũng Tàu đã sử dụng nhiều biện pháp quyết liệt để thu hồi các khoản nợ thuế nêu trên nhưng vẫn không có kết quả vì các doanh nghiệp này trên thực tế đã không còn hoạt động, do vậy việc áp dụng các biện pháp cưỡng chế là không thể thực hiện được.