Tính đến ngày 15/11/2012, Cục Hải quan Nghệ An đã làm thủ tục cho 1.868 tờ khai xuất nhập khẩu, với tổng trị giá kim ngạch là 143 triệu USD. Hiện tại, đã có 64 doanh nghiệp chính thức tham gia TTHQĐT. Số thuế thu được qua TTHQĐT là 181 tỷ đồng.

TTHQĐT đã mang lại nhiều lợi ích cho doanh nghiệp và cơ quan Hải quan như: Quy trình thủ tục đơn giản, thời gian thông quan hàng hóa nhanh chóng. Đối với hàng hóa miễn kiểm tra DN chỉ cần hoàn thành thủ tục thông quan qua mạng; đối với hàng hóa phải kiểm tra thực tế thủ tục còn đơn giản, nhanh gọn hơn rất nhiều, hạn chế sự tiếp xúc giữa Hải quan và doanh nghiệp, giảm phiền hà, sách nhiễu, tiêu cực.

Bên cạnh đó, TTHQĐT còn giúp tiết kiệm thời gian, chi phí; đảm bảo tính công khai, minh bạch trong quản lý, nâng cao hiệu quả quản lý của cơ quan Hải quan.

Để đảm bảo hoạt động TTHQĐT thông suốt, ngay từ khi bắt đầu triển khai thực hiện Cục Hải quan Nghệ An đã tiến hành rà soát lại đội ngũ cán bộ công chức; Đánh giá, phân loại doanh nghiệp, hiện trạng công nghệ thông tin. Đồng thời, tiến hành tổ chức hội nghị doanh nghiệp để giới thiệu, hướng dẫn về những điểm giống và khác nhau giữa TTHQĐT và thủ tục hải quan truyền thống để doanh nghiệp thấy rõ lợi ích của TTHQĐT. Đơn vị còn cử cán bộ chuyên trách về công nghệ thông tin trực tiếp hướng dẫn cho doanh nghiệp tại Chi cục hoặc trụ sở doanh nghiệp; Thường xuyên giải đáp các vướng mắc cho doanh nghiệp trong thực hiện TTHQĐT.

Tuy nhiên, theo Cục Hải quan Nghệ An, hiện nay số lượng doanh nghiệp tham gia TTHQĐT còn rất khiêm tốn (64/110). Nguyên nhân chủ yếu được xác định là do thực hiện thực hiện TTHQĐT là một nội dung mới và khó. Trong khi đó, đại bộ phận cán bộ đang quen với phương pháp quản lý thủ công, ngại thay đổi; Cơ sở hạ tầng, phương tiện làm việc chưa được trang bị đầy đủ và phù hợp với yêu cầu cải cách hiện đại hóa; Hệ thống thông tin hiện tại chưa đáp ứng được yêu cầu quản lý công việc theo phương pháp hiện đại; Hệ thống mạng, tốc độ đường truyền, phần mềm hệ thống triển khai thủ tục hải quan điện tử… chưa đáp ứng được yêu cầu, ảnh hưởng đến việc triển khai mở rộng đối với các loại hình và đối tượng doanh nghiệp.

Theo Hải quan Nghệ An, để tăng cường khả năng ứng dụng TTHQĐT thật sự mang lại lợi ích cho doanh nghiệp, ngành Hải quan cần tập trung khắc phục hạn chế của phần mềm thực hiện TTHQĐT và hoàn thiện hệ thống cơ sở hạ tầng CNTT, đảm bảo thông suốt trong quá trình hoạt động. Mặt khác, phối hợp với các bộ, ngành chuẩn hóa danh mục hàng hóa XNK, đồng thời các bộ, ngành cơ quan liên quan cũng cần ứng dụng mạnh mẽ CNTT vào các thủ tục liên quan đến hàng hóa XNK như:  thực hiện chữ ký số, C/O, cấp giấy kiểm định chất lượng...

Cục Hải quan Nghệ An cho rằng, để TTHQĐT được triển khai rộng và có hiệu quả cần nâng cấp hệ thống thông quan điện tử, hệ thống quản lý rủi ro, mở rộng ứng dụng chữ kí số và tiếp tục nâng cấp đường truyền và trang bị mới hệ thống máy chủ, bảo đảm thực hiện tiếp nhận dữ liệu khai báo của doanh nghiệp được liên tục và thông suốt qua đó tăng cường khả năng xử lý tự động tạo thuận lợi hơn nữa cho DN và hoạt động XNK, cũng như nâng cao hiệu quả quản lí của cơ quan Hải quan.

Trong năm 2013, Cục Hải quan Nghệ An tiếp tục triển khai TTHQĐT tại Chi cục Hải quan Cửa khẩu quốc tế Nậm Cắn, đồng thời, nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ trong ứng dụng TTHQĐT. Tiếp tục nâng cấp hệ thống thông quan điện tử, hệ thống quản lý rủi ro, mở rộng ứng dụng chữ kí số và nâng cấp đường truyền, trang bị mới hệ thống máy chủ, bảo đảm thực hiện tiếp nhận dữ liệu khai báo của doanh nghiệp được liên tục và thông suốt, qua đó tăng cường khả năng xử lý tự động tạo thuận lợi hơn nữa cho DN và hoạt động XNK, cũng như nâng cao hiệu quả quản lí của cơ quan Hải quan.