Nhằm hỗ trợ kịp thời hai đơn vị triển khai chính thức đầu tiên, Tổng cục Hải quan đã có hai đoàn công tác trực tiếp đi hỗ trợ. Tại Chi cục Hải quan cảng Hải Phòng khu vực I, đoàn công tác hỗ trợ do Phó Tổng cục trưởng Vũ Ngọc Anh, ông Hiroki Sakurai – cố vấn trưởng Dự án VNACCS/VCIS dẫn đầu, cùng một số thành viên trong Ban triển khai Dự án của Tổng cục Hải quan. Tại Hà Nội, Cục trưởng Cục CNTT và Thống kê hải quan Nguyễn Mạnh Tùng cùng với các thành viên trong Ban triển khai Dự án tới hỗ trợ Chi cục Hải quan Bắc Hà Nội.

Theo đánh giá sơ bộ, Hệ thống VNACCS/VCIS thực hiện tiếp nhận và xử lý tờ khai tương đối thông suốt. Các đơn vị triển khai chính thức đã có sự chuẩn bị tương đối tốt về cơ sở vật chất và bộ phận hỗ trợ. Tuy nhiên, việc khai báo của DN vẫn có một số lúng túng nhất định do hệ thống mới, có nhiều thao tác kỹ thuật. Trước những lúng túng của DN, các bộ phận hỗ trợ của Tổng cục Hải quan, Cục Hải quan địa phương đã kịp thời trợ giúp để việc khai báo thực hiện đúng quy trình, không để ảnh hưởng đến thời gian thông quan hàng hóa.