Thông tư này quy định rõ các nội dung và mức chi chung của Chương trình như: Viết và biên soạn tài liệu; tổ chức hội nghị sơ kết, tổng kết, tập huấn triển khai nhiệm vụ; đào tạo, bồi dưỡng nâng cao chuyên môn nghiệp vụ; hợp tác quốc tế, học tập trao đổi kinh nghiệm quốc tế,...

Trong đó, mức chi phụ cấp cho cán bộ làm công tác phòng, chống HIV/AIDS tại xã, phường, thị trấn là 400.000 đồng/tháng/xã trọng điểm; 200.000 đồng/tháng/xã còn lại. Chi hỗ trợ công tác quản lý về HIV/AIDS ở cấp xã (giao ban, văn phòng phẩm, thông tin liên lạc, báo cáo) là 1.200.000 đồng/xã/năm.

Hàng năm, khi phân bổ dự toán Chương trình, Bộ Y tế ưu tiên phân bổ cho các xã trọng điểm HIV/AIDS, các xã thuộc vùng có điều kiện KT-XH khó khăn và đặc biệt khó khăn; thực hiện phân cấp cho các địa phương trong việc mua sắm hàng hoá phục vụ hoạt động của Chương trình.

Trường hợp đặc biệt, các địa phương không có khả năng mua sắm hoặc cần mua sắm tập trung, Bộ Y tế trực tiếp thực hiện mua sắm và phân bổ bằng hiện vật cho các bộ, ngành, địa phương.

Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 1/12/2012.