Theo đó, Thông tư số 222/2009/TT-BTC ngày 25/11/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn thí điểm thủ tục hải quan điện tử đã hết hiệu lực. Hiện tại, thủ tục hải quan điện tử được thực hiện theo Nghị định số 87/2012/NĐ-CP ngày 23/10/2012 của Chính phủ và Thông tư số 196/2012/TT-BTC ngày 15/11/2012 của Bộ Tài chính.

Căn cứ quy định tại Khoản 1 Điều 15, Khoản 4 Điều 25 Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Hải quan ngày 14/6/2005; Khoản 1, 2 Điều 3, Khoản 2, 3 Điều 13, Điều 15, Điều 16 Thông tư số 196/2012/TT-BTC ngày 15/11/2012 quy định thủ tục hải quan điện tử đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thương mại; Thông tư số 01/2012/TT-BTC ngày 03/01/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn việc thông quan hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phải kiểm dịch thì:

1. Trường hợp doanh nghiệp chưa có Giấy chứng nhận kiểm dịch thì cho phép đưa hàng về bảo quản khi đáp ứng được đồng thời 03 điều kiện: Được phép vận chuyển hàng hóa của cơ quan kiểm dịch và đã thực hiện các quy định của pháp luật hiện hành về kiểm dịch, kiểm tra an toàn thực phẩm, kiểm tra chất lượng sản phẩm hàng hóa; đáp ứng các điều kiện về giám sát hải quan và phải bảo quản nguyên trạng hàng hóa tại địa điểm bảo quản; đảm bảo quy định về kiểm tra thực tế hàng hóa tại Khoản 2, 3 Điều 13 Thông tư 196/2012/TT-BTC.

2. Trường hợp doanh nghiệp đã có Giấy chứng nhận kiểm dịch được phép nhập khẩu thì cho phép giải phóng hàng nhưng phải đảm bảo nội dung kiểm tra thực tế hàng hóa theo quy định tại Khoản 2, 3 Điều 13 Thông tư 196 (cơ quan hải quan phải kiểm tra tên hàng, mã số, số lượng, trọng lượng, chủng loại, chất lượng, xuất xứ…) và đáp ứng các điều kiện quy định tại Khoản 1 Điều 16 Thông tư 196/2012/TT-BTC.

3. Thẩm quyền cho phép đưa hàng về bảo quản, giải phóng hàng thực hiện theo quy định tại Điều 15, Điều 16 Thông tư số 196/2012/TT-BTC ngày 15/11/2012 của Bộ Tài chính.

Sau khi có kết quả giám định số lượng, trọng lượng thì thực hiện tiếp thủ tục hải quan theo quy định hiện hành.