Theo đó, trường hợp cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế có hoạt động kinh doanh mua, bán vàng, bạc, đá quý và hoạt động chế tác sản phẩm vàng, bạc, đá quý thì phải hạch toán riêng được hoạt động kinh doanh mua, bán vàng, bạc, đá quý để áp dụng theo phương pháp tính trực tiếp trên GTGT.

Số thuế GTGT phải nộp theo phương pháp tính trực tiếp trên GTGT bằng GTGT của hàng hoá, dịch vụ chịu thuế bán ra nhân với thuế suất áp dụng đối với hàng hoá, dịch vụ đó.

Đối với hoạt động kinh doanh vàng, bạc, đá quý, ngoại tệ, GTGT là số chênh lệch giữa doanh số bán ra vàng, bạc, đá quý, ngoại tệ trừ  giá vốn của vàng, bạc, đá quý, ngoại tệ bán ra.

Ngoài ra, với các hộ gia đình, cá nhân kinh doanh và người nộp thuế kinh doanh vàng, bạc, đá quý, ngoại tệ lưu giữ được đầy đủ hoá đơn mua vào, hoá đơn bán ra để xác định được thuế GTGT thì áp dụng khai thuế GTGT tính theo phương pháp trực tiếp trên GTGT.
 
Đơn cử như: Chi nhánh ngân hàng thực hiện mua vàng, ngoại tệ thì khi bán vàng, ngoại tệ chi nhánh phải xuất hoá đơn, kê khai nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiêp trên GTGT đôi với hoạt động mua bán vàng bạc, ngoại tệ. Trong đó, chi nhánh ngân hàng phải kê khai giá vốn của lượng vàng bạc, ngoại tệ mua vào xác định GTGT bằng doanh số bán ra trừ giá vốn của vàng, bạc ngoại tệ bán ra theo đúng thực tế hoạt động mua bán phát sinh.