Tại cơ quan thuế, Tổng cục thuế và các Cục thuế đã rà soát 1.913 văn bản trả lời, hướng dẫn về thuế GTGT từ năm 2009-2012 của Tổng cục Thuế cho thấy vẫn còn một số vướng mắc trong thực hiện pháp luật về thuế GTGT.

Ví dụ, trong văn bản hướng dẫn về thuế suất của hoạt động cho doanh nghiệp chế xuất thuê lại đất có cơ sở hạ tầng là 0%, nhưng theo Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn thì hoạt động cho doanh nghiệp chế xuất thuê lại đất có cơ sở hạ tầng không phải là hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Thuế suất thuế GTGT của hoạt động này là 10%. Theo Điều 9 Thông tư 06/2012/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định về thuế suất 0% thì đối với hoạt động cho doanh nghiệp chế xuất thuê lại đất có cơ sở hạ tầng chưa được hướng dẫn tại Thông tư này.

Sau đó, Bộ Tài chính có sửa đổi, bổ sung tại một Thông tư khác, nhưng trường hợp cho doanh nghiệp chế xuất thuê lại đất đã có cơ sở hạ tầng lại chưa được hướng dẫn.

Ngoài ra, cũng phát sinh nhiều vướng mắc về giá tính thuế, thời điểm lập hóa đơn thuế GTGT; về khấu trừ thuế GTGT...

Qua thanh tra, kiểm tra hồ sơ khai thuế tại các Cục thuế đã phát hiện người nộp thuế kê khai thiếu thuế GTGT số tiền là 65.835 triệu đồng và thuế TNDN phải tạm kê khai bổ sung 330 triệu đồng, trong đó: Thanh tra Bộ Tài chính phát hiện là 29.034 triệu đồng, Tổng cục Thuế phát hiện là 37.212 triệu đồng.

Theo thống kê của Tổng cục Thuế, tổng số thuế GTGT được hoàn năm 2012 là 89.033.297 triệu đồng.

Qua phân tích, Thanh tra Bộ Tài chính nhận định, việc hoàn thuế cho các trường hợp xuất khẩu qua các năm đều tăng và chiếm tỷ trọng lớn trong khi tình hình kinh tế nói chung ngày càng khó khăn là dấu hiệu bất thường. Số thuế GTGT hoàn của các trường hợp trong 3 tháng liên tục trở lên ngày càng tăng và chiếm tỷ trọng lớn.

Đối với cơ quan hải quan, qua thanh tra phát hiện truy thu số tiền 479.081 triệu đồng, trong đó hàng thuộc đối tượng không nộp thuế GTGT nhưng thay đổi mục đích sử dụng, doanh nghiệp chưa kê khai nộp thuế, cơ quan Hải quan đã yêu cầu doanh nghiệp đến kê khai, nộp thuế và thực hiện phạt chậm nộp với số tiền là 333.006 triệu đồng.

Trên cơ sở đó, Thanh tra Bộ Tài chính kiến nghị sửa đổi, bổ sung chính sách pháp luật về thuế GTGT, trong đó về khấu trừ thuế GTGT, cần quy định rõ việc khấu trừ trong trường hợp hóa đơn thuế GTGT tài sản cố định hình thành không có giấy phép xây dựng; việc khấu trừ thuế GTGT trong trường hợp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh không đăng ký loại hình kinh doanh; điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào, hoàn thuế GTGT đối với số thuế GTGT hàng hóa nhập khẩu theo quyết định ấn định thuế đối với hàng nhập khẩu của cơ quan hải quan...

Qua thanh tra, các đơn vị trong ngành Hải quan đã báo cáo Thanh tra Bộ về bất cập khi hàng hóa xuất nhập khẩu ra vào khu thương mại, khu phi thuế quan dễ bị lợi dụng để gian lận, làm thất thoát thuế. Hàng nhập khẩu lợi dụng việc nhập khẩu vào khu thương mại, khu phi thuế quan được hưởng ưu đãi về thuế suất nhập khẩu và thuế GTGT, doanh nghiệp đã tìm mọi thủ đoạn để thẩm lậu vào thị trường nội địa. Hàng XK đã bị các đối tượng tìm cách kê khai giá cao, khai khống số lượng để hoàn thuế GTGT...

Các đơn vị trong ngành Hải quan đã kiến nghị Thanh tra Bộ nhiều giải pháp để ngăn chặn việc lợi dụng để gian lân, làm thất thoát thuế của nhà nước.

Trên cơ sở đó, Thanh tra Bộ Tài chính đã kiến nghị Lãnh đạo Bộ, 6 tháng cuối năm, Thanh tra Bộ khi tiến hành thanh tra tài chính DN, thành tra công tác quản lý ngân sách trên địa bàn một số tỉnh, thành phố sẽ đưa nội dung thanh tra về thuế GTGT là một nội dung trọng tâm khi thanh tra.