Bộ Tài chính cho hay, hiện khoản thu về thuế môn bài về bản chất là lệ phí nhưng đang được gọi tên như một sắc thuế. Bởi về bản chất thuế môn bài là một khoản lệ phí có nhiệm vụ kiểm kê, kiểm soát số lượng cơ sở có hoạt động kinh doanh trong năm.

Hiện nay, thuế môn bài được tính (cả năm) như sau: Các tổ chức kinh doanh nộp thuế môn bài theo 4 mức: 3.000.000 đồng, 2.000.000 đồng, 1.500.000 đồng, 1.000.000 đồng. Hộ cá thể kinh doanh nộp thuế môn bài theo 6 mức: 1.000.000 đồng, 750.000 đồng, 500.000 đồng, 300.000 đồng, 100.000 đồng, 50.000 đồng.

Theo đó, đối với các tổ chức kinh tế nêu trên nộp thuế Môn bài căn cứ vào vốn đăng ký ghi trong giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy phép đầu tư. Đối với các hộ kinh doanh cá thể như: Cửa hàng, quầy hàng, cửa hiệu kinh doanh... trực thuộc cơ sở kinh doanh hạch toán kinh tế độc lập hoặc trực thuộc chi nhánh hạch toán phụ thuộc. Nhóm người lao động thuộc các cơ sở kinh doanh nhận khoán kinh doanh.

Ngoài ra, theo Bộ Tài chính hiện có một số loại phí không còn phù hợp, nếu tiếp tục duy trì cơ chế thu phí có thể sẽ không khuyến khích thực hiện chủ trương xã hội hoá. Chẳng hạn như: Tại thời điểm ban hành Pháp lệnh phí, lệ phí, các khoản thu này được xác định là phí và đưa vào Danh mục phí, lệ phí là phù hợp như: Phí trông giữ xe đạp, xe máy, ô tô; phí vệ sinh, phí qua đò, phí chợ, phí bến bãi...

Qua một thời gian thực hiện, cùng với sự phát triển của nền kinh tế thị trường thì ngày càng có nhiều tổ chức, đơn vị công lập chuyển đổi sang mô hình đơn vị sự nghiệp tự chủ tài chính hoặc DN và sự ra đời của các DN tư nhân khác cùng tham gia và đầu tư vào các lĩnh vực này theo cơ chế xã hội hoá (như đầu tư xây dựng bãi trông giữ xe, đấu thầu kinh doanh vệ sinh môi trường, công ty chợ, đầu tư cho thuế bến bãi) nên đến nay vẫn thu các khoản này dưới hình thức phí là không còn phù hợp.

Các loại phí này đều đã có quy định song trên thực tế có một số lĩnh vực nếu áp dụng cơ chế thu phí hiện hành sẽ chưa thật sự khuyến khích để các DN đầu tư vào các lĩnh vực này. Do vậy, một số địa phương đề nghị chuyển một số loại phí thành giá dịch vụ theo cơ chế thị trường để chủ động hơn trong hoạt động thì mới đảm bảo thực hiện tốt chủ trương xã hội hoá của Đảng và Nhà nước. Từ đó, Bộ Tài chính đề xuất sửa đổi theo hướng đưa ra khỏi Danh mục phí và lệ phí.

Bộ Tài chính cũng chỉ ra có một số loại phí trùng với một số khoản thu khác như: Nội dung thu phí an ninh, trật tự; phí phòng chống thiên tai trùng với những khoản thu mang tính chất đóng góp tự nguyện tại các địa phương (Quỹ an ninh, quốc phòng theo quy định của Pháp lệnh dân quân tự vệ hoặc Quỹ phòng, chống bão lụt theo Pháp lệnh Phòng chống lụt bão). Trên thực tế hiện nay 2 loại phí an ninh, trật tự và phí phòng chống thiên tai đang được miễn thu theo Chỉ thị số 24/2007/CT-TTg của Thủ tướng Chính phủ. Vì vậy, cần đưa 2 loại phí này ra khỏi Danh mục phí và lệ phí.

Theo báo cáo của Tổng cục Thuế, trong nửa năm 2014, tổng thu khoản phí, lệ phí cân đối ngân sách đạt 5.205 tỷ đồng (đạt trên 50% kế hoạch giao là 10.330 tỷ đồng); Lệ phí trước bạ đạt 6.867 tỷ đồng/13.692 kế hoạch năm.