Theo Bộ Tài chính, trường hợp sử dụng bất hợp pháp hoá đơn là việc lập khống hoá đơn; cho hoặc bán hoá đơn chưa lập để tổ chức, cá nhân khác lập khi bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ (trừ các trường hợp được sử dụng hoá đơn do cơ quan Thuế bán hoặc cấp và trường hợp được ủy nhiệm lập hóa đơn); cho hoặc bán hoá đơn đã lập để tổ chức, cá nhân khác hạch toán, khai thuế hoặc thanh toán vốn ngân sách; lập hoá đơn không ghi đầy đủ các nội dung bắt buộc; lập hoá đơn sai lệch nội dung giữa các liên; dùng hoá đơn của hàng hoá, dịch vụ này để chứng minh cho hàng hoá, dịch vụ khác.

Ngoài ra, Bộ Tài chính quy định rõ một số trường hợp cụ thể được xác định là sử dụng bất hợp pháp hóa đơn: Hóa đơn có nội dung được ghi không có thực một phần hoặc toàn bộ. Sử dụng hoá đơn của tổ chức, cá nhân khác để bán ra, để hợp thức hoá hàng hoá, dịch vụ mua vào không có chứng từ hoặc hàng hoá, dịch vụ bán ra để gian lận thuế, để bán hàng hoá nhưng không kê khai nộp thuế. Sử dụng hoá đơn của tổ chức, cá nhân khác để bán hàng hoá, dịch vụ, nhưng không kê khai nộp thuế, gian lận thuế; để hợp thức hàng hoá, dịch vụ mua vào không có chứng từ. Hoá đơn có sự chênh lệch về giá trị hàng hoá, dịch vụ hoặc sai lệch các tiêu thức bắt buộc giữa các liên của hoá đơn. Sử dụng hoá đơn bán hàng hoá, dịch vụ mà cơ quan thuế, cơ quan công an và các cơ quan chức năng khác đã kết luận là sử dụng bất hợp pháp hóa đơn.

Đối với, việc xử lý hóa đơn trong các trường hợp không tiếp tục sử dụng của tổ chức, hộ, cá nhân, Bộ Tài chính nêu rõ, tổ chức, hộ, cá nhân được cơ quan Thuế chấp thuận ngưng sử dụng mã số thuế (còn gọi là đóng mã số thuế) phải dừng việc sử dụng các loại hóa đơn đã thông báo phát hành còn chưa sử dụng; Tổ chức, hộ, cá nhân kinh doanh mua hóa đơn của cơ quan thuế không tiếp tục sử dụng thì tổ chức, hộ, cá nhân mua hóa đơn phải tiến hành hủy hóa đơn...

Ngoài ra, cơ quan Thuế quản lý trực tiếp có trách nhiệm thông báo hết giá trị sử dụng của các hóa đơn sau: Hoá đơn không tiếp tục sử dụng do tổ chức, hộ, cá nhân thông báo với cơ quan Thuế; Hóa đơn chưa lập mà tổ chức, hộ, cá nhân kinh doanh bỏ trốn khỏi địa chỉ kinh doanh mà không thông báo với cơ quan Thuế; Hóa đơn chưa lập của tổ chức, hộ, cá nhân tự ý ngừng kinh doanh nhưng không thông báo với cơ quan Thuế; Hóa đơn mua của cơ quan Thuế mà tổ chức, hộ, cá nhân có hành vi cho, bán.

Với trường hợp tổ chức, hộ, cá nhân kinh doanh nếu phát hiện mất, cháy, hỏng hóa đơn đã lập hoặc chưa lập phải lập báo cáo về việc mất, cháy, hỏng và thông báo với cơ quan Thuế quản lý trực tiếp, chậm nhất không quá 5 ngày kể từ ngày xảy ra việc mất, cháy, hỏng hóa đơn. Trường hợp khi bán hàng hóa, dịch vụ người bán đã lập hóa đơn theo đúng quy định nhưng sau đó người bán hoặc người mua làm mất, cháy, hỏng liên 2 hóa đơn bản gốc đã lập thì người bán và người mua lập biên bản ghi nhận sự việc. Người bán và người mua phải chịu trách nhiệm về tính chính xác của việc mất, cháy, hỏng hoá đơn.

Trường hợp mất, cháy, hỏng hoá đơn liên 2 đã sử dụng có liên quan đến bên thứ ba (ví dụ: bên thứ ba là bên vận chuyển hàng hoặc bên chuyển hoá đơn) thì căn cứ vào việc bên thứ ba do người bán hoặc người mua thuê để xác định trách nhiệm và xử phạt người bán hoặc người mua theo quy định.

Để ngăn chặn các trường hợp vi phạm trong việc phát hành, quản lý, sử dụng hóa đơn trên báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn của các tổ chức, hộ, cá nhân, Bộ Tài chính yêu cầu cơ quan Thuế các cấp tăng cường kiểm tra tại trụ sở cơ quan Thuế và tại đơn tại trụ sở của tổ chức, hộ, cá nhân sử dụng hóa đơn. Theo đó, các trường hợp cơ quan Thuế qua kiểm tra phát hiện có dấu hiệu vi phạm, trong thời hạn 5 ngày làm việc kể từ ngày phát hiện, cơ quan Thuế có văn bản yêu cầu tổ chức, hộ, cá nhân báo cáo giải trình.

Với trường hợp không giải trình hoặc giải trình không thoả đáng, cơ quan Thuế ban hành quyết định kiểm tra hoá đơn tại trụ sở của tổ chức, cá nhân. Nội dung kiểm tra hoá đơn được quy định cụ thể trong quyết định kiểm tra tại trụ sở hoặc điểm bán hàng của đơn vị gồm: Căn cứ pháp lý để kiểm tra; đối tượng kiểm tra; nội dung, phạm vi kiểm tra; thời gian tiến hành kiểm tra; trưởng đoàn kiểm tra và các thành viên của đoàn kiểm tra; quyền hạn và trách nhiệm của đoàn kiểm tra và đối tượng kiểm tra.