Theo đó, dự toán thu - chi của các quỹ này thường được cơ quan điều hành quỹ thông qua. Ở một số nước, dự toán thu - chi của các quỹ đòi hỏi phải có sự phê duyệt hoặc xem xét của cơ quan Quốc hội. Ở phần lớn các nước thuộc Tổ chức hợp tác và phát triển kinh tế (OECD), Nghị viện không phê duyệt ngân sách thu - chi của quỹ ngoài ngân sách, nhưng được báo cáo về thu - chi của các quỹ này.

Tại Hoa Kỳ, thu - chi ngân sách an sinh xã hội và dịch vụ bưu chính, về mặt chính thức được coi là “ngoài ngân sách”, nhưng lại được gộp vào các số liệu tổng mức ngân sách để có sự giám sát ngân sách Liên bang.

Ở Pháp, Hàn Quốc, Quốc hội thực hiện phê duyệt dự toán thu - chi của các quỹ, nhưng dự toán của các quỹ được tách riêng với dự toán thu - chi ngân sách năm. Chẳng hạn ở Pháp, theo quy định của Luật Căn bản liên quan đến tài chính an sinh xã hội (1996), ngân sách của các quỹ an sinh xã hội do Bộ trưởng Bộ Y tế trình lên Nghị viện, không phải Bộ trưởng Bộ Tài chính trình.

Khác với ngân sách Nhà nước, Nghị viện không đặt ra các hạn mức mang tính ràng buộc pháp lý đối với các nội dung khác nhau về chỉ tiêu an sinh xã hội. Các khoản chuyển giao của Nhà nước nhằm bù đắp thâm hụt của các quỹ an sinh xã hội được phê duyệt tại ngân sách nhà nước hàng năm.

Ở một số nước khác, Quốc hội phê duyệt thu chi của các quỹ đó ở dạng lồng ghép chung với dự toán ngân sách năm. Ví dụ, tại Anh, chi tiêu từ các nguồn lực thuộc Quỹ Bảo hiểm Quốc gia (NIF) của Vương quốc Anh được tổng hợp chung và trình Nghị viện phê duyệt.

Như vậy có thể thấy, việc quản lý các quỹ tài chính ngoài ngân sách ở phần lớn các nước là khá chặt chẽ. Nhiều nước yêu cầu phải có sự phê chuẩn của Quốc hội về dự toán các quỹ. Các nước khác, cho dù không yêu cầu Nghị quyết phê chuẩn của Quốc hội, nhưng cũng đòi hỏi Chính phủ phải có tổng hợp báo cáo tình hình thu - chi cho Quốc hội, từ đó tăng cường tính công khai, minh bạch, kiểm soát hiệu quả hoạt động tài chính trong phạm vi thực hiện các chức năng của Chính phủ, đồng thời cũng hạn chế việc thiết lập các quỹ ngoài ngân sách.

Ở nước ta hiện nay, theo tổng hợp sơ bộ có khoảng 40 quỹ/loại quỹ tài chính Nhà nước đã được thành lập ở Trung ương và địa phương.

Các quỹ đều được thành lập theo quy định của các văn bản quy phạm pháp luật (như: Quỹ bảo hiểm xã hội bắt buộc được thành lập theo quy định tại Luật Bảo hiểm xã hội; Quỹ bảo hiểm y tế được thành lập theo quy định tại Luật Bảo hiểm y tế; Quỹ bảo vệ môi trường được thành lập theo Luật Bảo vệ môi trường; Quỹ bảo trì đường thành lập Luật giao thông đường bộ…). Phần lớn là các quỹ có quy mô vốn nhỏ, phạm vi hoạt động hẹp trong một lĩnh vực hoặc một địa phương nhất định; chỉ có một số quỹ có quy mô lớn (chiếm khoảng trên 95% tổng số vốn của các quỹ tài chính Nhà nước).

Mặc dù các quỹ tài chính đã thu hút thêm các nguồn lực cả trong và ngoài nước nhằm giảm bớt sự bao cấp và gánh nặng cho ngân sách nhất là trong các lĩnh vực an sinh xã hội, chăm sóc y tế, hưu trí, giao thông…, nhưng vẫn còn những tồn tại, hạn chế. Các quỹ tài chính này có mối quan hệ chặt chẽ với ngân sách Nhà nước, song Luật Ngân sách Nhà nước chưa quy định mối quan hệ để điều chỉnh, dẫn đến có xu hướng thành lập nhiều quỹ nhưng nguồn thu của các quỹ lại chủ yếu từ nguồn NSNN làm phân tán nguồn lực của NSNN, một số quỹ hoạt động chưa thực sự hiệu quả.

Trong kiến nghị mới đây liên quan đến việc sửa đổi Luật Ngân sách Nhà nước, Thường trực Ủy ban Tài chính- Ngân sách của Quốc hội đã đề nghị Chính phủ rà soát, thu hẹp các quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách theo hướng đưa vào cân đối NSNN đối với những quỹ có nguồn thu chủ yếu từ NSNN bảo đảm tính thống nhất, tập trung của NSNN.