Được biết số nợ thuế ảo phát sinh từ khi Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh chính thức triển khai thủ tục hải quan điện tử theo Nghị định 87/NĐ-CP. Nguyên nhân là do thông tin dữ liệu đầu vào có sự sai lệnh từ việc chuyển đổi kí hiệu số thập phân và kí hiệu số hàng trăm ngàn, nên xuất hiện những tờ khai có trị giá trên 100.000 USD hoặc tổng tiền thuế phải nộp trên 50 tỉ đồng.

Nguyên nhân nữa xuất phát từ một số trường hợp trùng tờ khai hải quan do doanh nghiệp khai thủ tục hải quan điện tử khi bị phân luồng Đỏ, doanh nghiệp tiếp tục mở tờ khai cho đến khi hệ thống chuyển ngẫu nhiên sang luồng Xanh để được thông quan nhanh chóng. Nhiều trường hợp, sau khi doanh nghiệp truyền tờ khai nhưng chưa nhận được phản hồi thay vì chờ đợi thêm, hoặc liên hệ với cơ quan Hải quan, doanh nghiệp lại tiếp tục bấm máy truyền nhiều lần nữa dẫn đến tình trạng trùng tờ khai hải quan, phát sinh thuế trên hệ thống.

Tình trạng này dẫn đến xuất hiện một lượng lớn tờ khai bị phân vào luồng Đỏ, doanh nghiệp không hủy tờ khai, nhưng do chưa quá hạn 15 ngày nên cơ quan Hải quan không thể ra quyết định hủy tờ khai theo quy định dẫn đến phát sinh chứng từ ghi số thuế phải thu ảo.

Theo Phó Cục trưởng Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh Nguyễn Hữu Nghiệp, có thời điểm số nợ ảo lên đến hàng chục ngàn tỉ đồng. Việc số liệu thuế phải thu không chính xác sẽ gây ảnh hưởng đến dự báo tình hình thu ngân sách cho Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh và toàn ngành Hải quan. Việc phát sinh nợ thuế ảo không những ảnh hưởng đến công tác theo dõi xử lí nợ thuế của cơ quan Hải quan mà còn ảnh hưởng đến tình trạng ân hạn thuế của doanh nghiệp.

Trước mắt, để khác phục tình trạng trên, Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh chỉ đạo khi xuất hiện các trường hợp các chi cục chủ động xử lí, xác định tính chính xác của nội dung tờ khai căn cứ theo số lượng, đơn giá và trị giá nguyên tệ do doanh nghiệp khai báo. Đối với trường hợp trùng tờ khai, các chi cục liên hệ với doanh nghiệp có liên quan tiến hành quy trình thủ tục hủy tờ khai và hủy chứng từ ghi số thuế phải thu đã phát sinh. Các đơn vị hải quan cửa khẩu cũng nhắc nhở, hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện khai báo thủ tục hải quan điện tử theo đúng quy trình.