Theo đó, về thủ tục hải quan đối với hàng xuất khẩu, Bộ Tài chính yêu cầu cơ quan hải quan thực hiện nghiêm, chặt chẽ đúng các quy định, quy trình thủ tục hải quan đối với hàng xuất khẩu, đảm bảo tính đầy đủ, tính thống nhất của các chỉ tiêu trên tờ khai hải quan và hồ sơ hải quan theo quy định của pháp luật.

Cụ thể, phải kiểm tra thực tế (100%) đối với hàng hóa xuất khẩu. Cán bộ kiểm hóa ghi cụ thể, đầy đủ kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa và phương tiện vận chuyển hàng hóa xuất khẩu.

Ngoài ra, Bộ Tài chính cũng quy định các trường hợp khách hàng nước ngoài thanh toán tiền mua hàng hóa qua tài khoản vãng lai mở tại ngân hàng ở Việt Nam, bao gồm:

Trường hợp tiền thanh toán có nguồn gốc là tiền mặt nộp vào tài khoản vãng lai, thì cơ quan Thuế phải phối hợp với cơ quan Hải quan có liên quan để kiểm tra các thủ tục có liên quan trước khi ra quyết định hoàn thuế.

Phối hợp với ngân hàng có liên quan để kiểm tra, đối chiếu các quy định cho phép khách hàng nước ngoài được thanh toán qua tài khoản vãng lai, điều kiện thanh toán qua tài khoản vãng lai (như: nguồn tiền, người thực hiện thanh toán,...) để loại trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào liên quan đến các chứng từ thanh toán không đảm bảo điều kiện được thanh toán qua tài khoản vãng lai.

Việc giải quyết hoàn thuế trong trường hợp này chỉ áp dụng đối với trường hợp người nhập cảnh mang tiền mặt qua cửa khẩu quốc tế, cửa khẩu quốc gia có đầy đủ chứng từ, xác nhận của cơ quan có trách nhiệm.

Trường hợp hàng hóa xuất khẩu thuộc nhóm hàng quy định thì phải kiểm tra, đối chiếu danh mục, số lượng hàng hóa có liên quan đề nghị hoàn với hồ sơ hải quan.

Kiểm tra việc xuất, nhập, tồn kho hàng hóa và các chứng từ liên quan đến xuất, nhập, tồn kho hàng hóa, chi phí vận chuyển như: hợp đồng vận chuyển, hóa đơn vận chuyển, chứng từ thanh toán chi phí vận chuyển đối với hàng hóa xuất khẩu, các chứng từ liên quan thuê kho hàng, bến bãi,... khi kiểm tra những hồ sơ chứng từ này phải thực hiện đối chiếu trên những chứng từ, hồ sơ khai hải quan liên quan. Nếu thấy không hợp lý, không phù hợp thực tế, thì phải yêu cầu người nộp thuế giải trình và thực hiện kiểm tra xác minh.

Các trường hợp xuất khẩu được hoàn thuế phải đảm bảo các thủ tục, điều kiện về khấu trừ, hoàn thuế theo quy định và hướng dẫn tại công văn này.

Thực hiện công tác kiểm tra đối chiếu hóa đơn đối với hàng hóa xuất khẩu qua biên giới đất liền thuộc loại có rủi ro như đối với trường hợp hàng hóa xuất khẩu là nông, lâm, thủy, hải sản…