Theo Cục Hải quan Đồng Nai, do việc truyền và xử lý dữ liệu không đồng bộ giữa các đơn vị Hải quan hoặc giữa các bộ phận trong một đơn vị, dẫn đến một số khâu nghiệp vụ hải quan không mở được chương trình khai điện tử để đối chiếu với tờ khai giấy của DN.

Lợi dụng điều này DN đã làm giả tờ khai, con dấu, chữ ký của Hải quan để vận chuyển hàng hóa ra khỏi khu vực giám sát hải quan. Hiện nay, thực hiện hệ thống khai điện tử, DN vẫn có thể kết xuất dữ liệu điện tử để in tờ khai xuất trình với cơ quan Hải quan với các chi tiết hàng hóa được chỉnh sửa khác với hệ thống nhằm lợi dụng sơ hở của công chức kiểm tra hồ sơ; hoặc lợi dụng tờ khai được phân vào luồng Xanh để nhập khẩu hàng hóa thực tế khác so với khai báo trên hệ thống nhằm gian lận, trốn thuế, né tránh sự quản lý chuyên ngành...

Theo nhận định của Cục Hải quan Đồng Nai, khả năng DN đăng ký tờ khai nhưng thực tế không xuất khẩu hoặc xuất khẩu nhiều hơn so với đăng ký hoặc xuất khống số lượng. Các Chi cục trực thuộc Cục Hải quan Đồng Nai chỉ đạo công chức kiểm hóa luôn cảnh giác trong công tác kiểm tra niêm phong hải quan, hồ sơ hải quan, hàng hóa xuất nhập khẩu, hàng tái xuất... để kịp thời phát hiện DN đăng ký tờ khai nhưng thực tế không xuất khẩu, xuất khống số lượng; công chức làm công tác chuyển cửa khẩu phải thường xuyên cập nhật, đối chiếu thông tin hồi báo từ các cửa khẩu.

Ngoài ra, DN có thể lợi dụng kẽ hở trong quá trình tổ chức thực hiện TTHQĐT khi hệ thống tự động phân luồng theo quản lý rủi ro, xuất hiện cách thức đối phó như hủy tờ khai hoặc phát sinh hành vi "tự ý phá niêm phong hải quan" đối với các trường hợp phải kiểm tra thực tế.

Từ đầu năm đến nay, Cục Hải quan Đồng Nai đã phát hiện trên 400 vụ vi phạm trong thực hiện TTHQĐT của DN. Việc lợi dụng khai báo TTHQĐT để giả mạo chứng từ là một hành vi mà các DN thường xuyên thực hiện. Điển hình như vụ Công ty  Trách nhiệm hữu hạn sản xuất và thương mại - dịch vụ Thịnh Nguyên Phát giả mạo giấy nộp tiền để thông quan hàng hoá khi tờ khai điện tử của Công ty này được hệ thống  phân vào luồng Vàng.

Khi cơ quan Hải quan kiểm tra bộ chứng từ và yêu cầu xuất trình các giấy nộp tiền cho các lô hàng nợ thuế trước đây thì DN lại giả mạo các giấy nộp tiền này. Cơ quan Hải quan đã phát hiện và xử phạt về hành vi giả mạo giấy tờ thuộc hồ sơ hải quan để nhập khẩu hàng với số tiền phạt 20 triệu đồng.

Cục Hải quan Đồng Nai cũng đã phát hiện Công ty Cổ phần Quốc tế Pancera giả mạo hồ sơ, chứng từ khi khai hải quan điện tử và được phân vào luồng Đỏ. Khi cơ quan Hải quan kiểm tra bộ chứng từ thì phát hiện các dấu hiệu không thống nhất và qua làm việc với DN đã phát hiện hành vi giả mạo bộ chứng từ. Cục đã xử phạt DN này với số tiền 20 triệu đồng.

Trước đó, Cục Hải quan Đồng Nai cũng đã phát hiện Công ty Trách nhiệm hữu hạn Okura khai dữ liệu điện tử và scan chứng từ thể hiện có mặt hàng nhập khẩu thuộc diện phải có giấy phép nhưng khi cơ quan Hải quan yêu cầu xuất trình giấy phép thì DN lại giả mạo bộ chứng từ để không còn có mặt hàng phải có giấy phép này và khai lại tờ khai cho phù hợp bộ chứng từ. Hải quan Đồng Nai đã kiểm tra và xử phạt về hành vi giả mạo giấy tờ thuộc hồ sơ hải quan và hành vi nhập khẩu hàng hóa thuộc diện phải có giấy phép mà không xuất trình được giấy phép với mức phạt 35 triệu đồng.

Theo Cục Hải quan Đồng Nai, công tác đấu tranh chống buôn lậu, gian lận thương mại trong thực hiện TTHQĐT vẫn còn gặp một số hạn chế do quy định của quy trình thủ tục hải quan, do công tác phối hợp trong và ngoài ngành, nhân sự chưa có trình độ chuyên sâu… Những hạn chế này cần phải được khắc phục nhanh để đảm bảo TTHQĐT được nhanh chóng nhưng đảm bảo quản lý chặt chẽ, tránh tình trạng DN lợi dụng để buôn lậu, gian lận thương mại, trốn thuế hoặc thực hiện các hành vi vi phạm khác.