Theo đó, Tổng cục Hải quan sẽ thành lập 2 tổ công tác (Tổ hỗ trợ kĩ thuật và Tổ hỗ trợ nghiệp vụ) để đảm bảo việc triển khai thông suốt thủ tục hải quan điện tử trên địa bàn cả nước từ 1/1/2013.

Tổng cục trưởng cũng chỉ đạo các đơn vị chức năng, các cục hải quan địa phương chuẩn bị cơ sở hạ tầng công nghệ thông tin để sẵn sàng triển khai tại tất cả các cục, chi cục; đẩy mạnh tuyên truyền về thủ tục hải quan điện tửđể cộng đồng DN, người dân và các cơ quan chức năng nắm bắt được lộ trình thực hiện trong thời gian tới và thấy được bước phát triển mới của thủ tục hải quan điện tử… Tổng cục Hải quan cũng sẽ hợp tác với cơ quan an ninh (Bộ Công an) trong việc đảm bảo an toàn, an ninh mạng cho hệ thống công nghệ thông tin phục vụ thủ tục hải quan điện tử…

Trong quá trình thí điểm và mở rộng thí điểm thủ tục hải quan điện tử (theo Quyết định 149/2005/QĐ-TTg năm 2005 và 103/2009/QĐ-TTg năm 2009) cả nước có 21/34 cục hải quan địa phương triển khai.