Nội dung của kiểm toán hoạt động chi tiêu từ ngân sách nhà nước có nhiều đặc điểm riêng và khó xác định cụ thể hơn so với kiểm toán báo cáo tài chính, vì vậy, nội dung kiểm toán hoạt động chi tiêu ngân sách của các bộ, ngành cần được coi trọng.