Công tác kiểm toán ngân sách nhà nước tại các bộ, cơ quan trung ương luôn được Kiểm toán Nhà nước chú trọng và thực hiện kiểm toán. Nhiều kiến nghị kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước đã góp phần nâng cao tính minh bạch, hiệu quả, hiệu lực trong quản lý, sử dụng ngân sách nhà nước tại các bộ, cơ quan trung ương. Tuy nhiên, thực tiễn kiểm toán cho thấy, công tác quản lý thu, chi ngân sách nhà nước tại một số bộ, cơ quan trung ương hiện nay còn bộc lộ nhiều hạn chế. Để nâng cao chất lượng kiểm toán ngân sách nhà nước tại các bộ, cơ quan trung ương, Kiểm toán Nhà nước cần tăng cường công tác phân tích, đánh giá tính kinh tế, hiệu quả, hiệu lực trong quản lý, sử dụng ngân sách nhà nước; chú trọng xây dựng cơ sở dữ liệu phục vụ kiểm toán và tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin hỗ trợ hoạt động kiểm toán…